Meccanismi degli effetti simili agli estrogeni dei glicosidi deserticola di cistanche: approfondimenti della farmacologia di rete e della trascrittomica

3. Risultati sperimentali

3.1 Risultati dell'analisi della farmacologia di rete

3.1.1 Analisi della rete degli effetti simili agli estrogeni dei componenti attivi di GCS

Un totale di 40 composti nei GC (Tabella 1) sono stati analizzati utilizzando ilProduttore di informazioni TCMSP, Simmap, Ecc, Cucire, EQSARdatabase. Dopo aver rimosso i duplicati, sono stati raccolti 183 obiettivi. DaGenecardeEOmimDatabase, "carenza di estrogeni" o "bassi livelli di estrogeni" sono stati usati come parole chiave per recuperare obiettivi legati alla malattia. La combinazione degli obiettivi da entrambe le fonti e la rimozione dei duplicati hanno portato a 1.712 obiettivi di malattia.

UsandoCytoscape v3.9.1, è stata visualizzata una rete "composto - target" (CT) (Figura 1). La rete includeva 223 nodi: 40 nodi che rappresentano i componenti attivi di GCS e 183 nodi che rappresentano gli obiettivi, collegati da 253 bordi. Utilizzando la piattaforma online del diagramma di Venn, l'intersezione dei geni target specifici di 40 GCS e dei geni target simili a estrogeni hanno prodotto 72 geni target sovrapposti a "gcs-estrogeno" (Figura 2).

 

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3.1.2 Screening degli obiettivi principali e dell'analisi della rete PPI

Sono stati analizzati i parametri topologici della rete (grado, tra centralità e centralità di vicinanza). I valori mediani di questi parametri sono stati usati come soglie. Gli obiettivi che soddisfano tutti e tre i criteri di soglia sono stati selezionati come obiettivi fondamentali per gli effetti simili agli estrogeni dei GC. Sono stati identificati un totale di 24 obiettivi principali. UsandoCytoscape v3.9.1, è stata visualizzata una rete "composto - core bersaglio - simile a estrogeni" (Figura 3). Inoltre, è stata costruita una rete PPI degli obiettivi principali (Figura 4).

 

3.1.3 Analisi dell'arricchimento del percorso funzionale e KEGG

Dall'analisi funzionale GO, sono state identificate 35 voci significative. Sulla base di valori p corretti, sono stati selezionati i 20 percorsi primi (Figura 6). Queste principalmente riguardavano funzioni molecolari come il legame del recettore delle citochine, il legame del recettore degli estrogeni, il legame del recettore del fattore di crescita e l'attività del recettore nucleare.

L'analisi dell'arricchimento del percorso KEGG ha identificato 83 percorsi di segnalazione significativi. Sono stati visualizzati i primi 20 percorsi, classificati da valori p corretti (Figura 7). Percorsi chiave legati agli estrogeni inclusi:

Percorso di segnalazione del fattore di necrosi tumorale (TNF)

Interleukin -17 (il -17) percorso di segnalazione

Fattore inducibile dall'ipossia -1 (hif -1) percorso di segnalazione

Percorso di segnalazione degli estrogeni

Questi percorsi svolgono ruoli critici negli effetti simili agli estrogeni dei GC.

3.2 Integrazione con i dati trascrittomici

3.2.1 Analisi di correlazione tra obiettivi previsti e dati trascrittomici

Usando ilHGNCIl database, i 24 geni target di base previsti dalla farmacologia di rete sono stati convertiti in geni omologhi di ratto, con conseguente 31 geni. Dopo aver rimosso i duplicati, sono rimasti 29 geni. Confrontando i dati trascrittomici, tutti i 29 obiettivi principali (tranneMCL1EGCG) ha mostrato cambiamenti di espressione genica. I risultati sono mostrati nella Tabella 2.

3.2.2 Analisi di correlazione tra i percorsi KEGG dalla farmacologia di rete e trascrittomica

Dopo aver convertito i geni target di base in geni omologhi di ratto, è stata condotta l'analisi dell'arricchimento della via di KEGG. Un totale di 1 0 8 percorsi (con padjust <0. 05) sono stati identificati per i geni target di base. L'analisi dell'arricchimento di KEGG dei dati di sequenziamento trascrittomico ha identificato 107 percorsi (con padjust <0,05). I risultati dell'analisi di correlazione tra farmacologia di rete e trascrittomica sono mostrati nella Figura 8.

C'erano 68 percorsi sovrapposti, tra cui:

Percorso di segnalazione degli estrogeni

percorso di segnalazione del campo

Percorso di segnalazione TNF

I percorsi sovrapposti rappresentavano oltre il 60% dei percorsi totali.