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Genetica dell'osteopontina in pazienti con malattia renale cronica: studio tedesco sulla malattia renale cronica Ⅳ

Jun 11, 2024

Proteoma plasmatico.

Inoltre, abbiamo utilizzato le statistiche riassuntive GWAS diproteine ​​plasmatiche(pGWAS) di Sun et al. [22] per eseguire analisi di colocalizzazione per identificare segnali di associazione coerenti tra OPN e proteine ​​con effetti in cis e trans. Contrariamente ai dati di GTEx e NephQTL, il riepilogo pGWAS disponibile a livello genomico consente la valutazione di entrambi gli effetti. Per rilevare la colocalizzazione con cis-pQTL, sono state estratte le statistiche riassuntive pGWAS di qualsiasi regione del gene pro-teina (regione del gene ± 500kb, regione cis). Per il locus OPN e una regione di 100 kb attorno ad esso, abbiamo controllato se qualcuno degli estratti cis pGWAS si sovrapponeva e aveva un valore p di associazione pGWAS di<0.05/2 (Bonferroni correction for two OPN loci). For all hereby selected proteins, we then extracted the protein-gene-region from the OPN GWAS summary statistics and ran colocalization within the protein-gene-region. For potential colocalization with trans-pQTLs, we selected all proteins with pGWAS association p-values <0.05/2/3,000 (Bonferroni correction for the two OPN loci and number of proteins evaluated in pGWAS) within a 100kb region around an OPN-associated index SNP. For all hereby selected proteins, colocalization analyses were conducted within the ±500kb region of the OPN-associated index SNP.

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Alimento salutare biologico per la salute dei reni


Per la colocalizzazione delle proteine, un'analisi di arricchimento Gene Ontology (GO) (http://geneontology.org/, [101,102]) sotto forma di un test di sovrarappresentazione PANTHER [103] con i due set di dati di annotazione della componente cellulare GO e della componente molecolare GO (homo sapiens) come riferimento sono stati condotti per valutare le categorie arricchite a cui sono state assegnate le proteine ​​identificate. Complessivamente, 20.595 geni umani sono mappati in vari termini correlati ai componenti cellulari e alla funzione molecolare. Una categoria è considerata arricchita se sia il valore p corretto di Bonferroni del test esatto di Fisher sia il tasso di false scoperte basato sulla procedura Benjamini-Hochberg, sono<0.05


Malattie dell'UKB. Infine, abbiamo utilizzato il GWAS dal database GeneAtlas (http://geneatlas.Roslin.ed.ac.uk/) per eseguire analisi di colocalizzazione per i due loci OPN replicati (±500kb) e tutti i tratti binari della malattia UKB che mostravano genoma- associazioni significative ampie (valore p<5.0E-08) in at least one of the two replicated OPN loci. Overall, GeneAtlas comprises GWAS results of 660 binary disease traits of ~450,000 UKB participants [23]. In addition, we adopted the conditional colocalization analysis approach which was first applied in a GWAS of plasma proteome [104].

 Performing colocalization on conditionally independent association statistics could reveal true colocalization signals that were missing when using marginal association statistics in the presence of multiple independent association signals. We applied the GCTA COJO Slct algorithm to identify independent association signals in the OPN region for the seven traits [105], which showed a trait association signal different from the OPN signal (H3: p1.2>{{0}}.8). Il set di dati del genotipo GCKD pulito e imputato menzionato prima è stato utilizzato come riferimento LD da GCTA. Impostiamo il limite di collinearità su 0,1 per essere conservativi. Per i loci con più di 1 segnale indipendente, è stata condotta un'analisi condizionale approssimativa dall'algoritmo GCTA COJO-Cond per generare statistiche di associazione condizionale condizionate sugli altri SNP indipendenti nella regione [105]. Infine, le analisi di colocalizzazione sono state eseguite come prima per ciascuno degli SNP indipendenti utilizzando come input le statistiche di associazione condizionale.

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Test aggregati di varianti rare

Complessivamente, 4.879 partecipanti al GCKD con dati completi su misurazioni di genotipizzazione (chip Exome), eGFR, UACR e log2 (OPN) sono stati inclusi nell'analisi dei test aggregati di varianti rare (S1 Fig). Come descritto in precedenza [106], due tipi di test di aggregazione di varianti rare (test di bur den, test di associazione del kernel di sequenza [SKAT]) implementati nel pacchetto R seqMeta (v1.6.7, [107]) sono stati condotti utilizzando i dati del chip dell'esoma e log2 (OPN) misurazioni (risultato). Per gene, varianti con MAF<1% and having a major effect on the gene product (nonsynonymous, stop gain/loss, splicing; "qualifying variants") as annotated by dbNSFP v.2.0 were aggregated [24,25]. Results were filtered to retain genes with cumulative minor allele count (MAC) �10 and with �2 contributing variants per gene. Analyses were adjusted for age, sex, log(eGFR), and log(UACR). To adjust for multiple testing, the statistical significance level was corrected for the number of assessed genes (N = 17,575) and the two conducted tests: 0.05/(2×17,575) = 1.4E-06. Moreover, analyses were repeated for significantly associated genes additionally adjusted for the two replicated OPN loci.

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Replica dei loci identificati nello studio Young Finns

I tre loci OPN identificati nel GWAS dei partecipanti al GCKD sono stati testati per la replica nella coorte Cardiovascolare Risk in Young Finns Study (YFS). Qui, l'OPN plasmatico è stato misurato mediante un test immunoassorbente legato a un enzima (kit Human Osteopontin Quantikine, R&D Systems, USA) da campioni scongelati per la prima volta per il test nel 2007. Campioni di 2.442 partecipanti e 546.677 SNP genotipizzati erano disponibili per ulteriori analisi dopo QC e imputazione. Ulteriori dettagli possono essere trovati in Metodi S1. Per il locus selezionato, l'analisi di associazione di log2 (OPN) sul dosaggio SNP (additivo) è stata formata adattando modelli di regressione lineare adattati per età, sesso ed eGFR utilizzando SNPTEST v2.5.4 [89]. Il GFR è stato stimato con l'equazione dello studio MDRD e trasformato in log2-prima dell'analisi [108]. La replica è stata definita da un valore p di associazione unilaterale<0.05/3 (Bonferroni correction for three OPN loci).

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Ringraziamenti Siamo grati per la disponibilità dei pazienti con insufficienza renale cronica a partecipare allo studio GCKD. L'enorme sforzo del personale di studio dei vari centri regionali è molto apprezzato. Ringraziamo il gran numero di nefrologi che forniscono cure di routine ai pazienti e collaborano con lo studio GCKD. Gli investigatori GCKD sono elencati nelle Informazioni S1. Un elenco completo dei nefrologi che attualmente collaborano allo studio GCKD è disponibile all'indirizzo (http://gckd.org).

Contributi dell'autore Concettualizzazione: Peggy Sekula, Ulla T. Schultheiss.

Cura dei dati: Yurong Cheng, Yong Li, Nora Scherer, Franziska Grundner-Culemann, Terho Lehtima¨ki, Binisha H. Mishra, Olli T. Raitakari, Matthias Nauck, Kai-Uwe Eckardt, Peggy Sekula, Ulla T. Schultheiss.

Analisi formale: Yurong Cheng, Yong Li, Nora Scherer, Franziska Grundner-Culemann, Binisha H. Mishra, Peggy Sekula, Ulla T. Schultheiss.

Acquisizione dei finanziamenti: Terho Lehtima¨ki, Olli T. Raitakari, Kai-Uwe Eckardt, Peggy Sekula, Ulla T. Schultheiss.

Investigazione: Binisha H. Mishra, Olli T. Raitakari, Peggy Sekula, Ulla T. Schultheiss.

Metodologia: Yurong Cheng, Yong Li, Nora Scherer, Franziska Grundner-Culemann, Binisha H. Mishra, Matthias Nauck, Peggy Sekula, Ulla T. Schultheiss.

Amministrazione del progetto: Peggy Sekula, Ulla T. Schultheiss.

Risorse: Peggy Sekula, Ulla T. Schultheiss.

Software: Yurong Cheng, Yong Li, Binisha H. Mishra, Peggy Sekula, Ulla T. Schultheiss.

Supervisione: Nora Scherer, Franziska Grundner-Culemann, Peggy Sekula, Ulla T. Schultheiss.

Validazione: Yurong Cheng, Yong Li, Nora Scherer, Franziska Grundner-Culemann, Terho Lehtima¨ki, Binisha H. Mishra, Olli T. Raitakari, Matthias Nauck, Kai-Uwe Eckardt, Peggy Sekula, Ulla T. Schultheiss.


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