La risposta al supplemento probiotico intranasale di Lactococcus Lactis W136 nella CRS refrattaria è associata alla modulazione dell'infiammazione non di tipo 2 e alla rigenerazione epiteliale

Giustificazione:

Abbiamo precedentemente documentato che in individui con rinosinusite cronica (CRS) refrattaria alla chirurgia, l'applicazione intranasale di Lactococcus lactis W136 vivo, un batterio probiotico, migliora i sintomi specifici del seno, SNOT-22 e l'aspetto della mucosa all'endoscopia, accompagnato da una riduzione dei patogeni sinusali e un aumento dei batteri protettivi. Il presente lavoro esplora i meccanismi molecolari alla base di queste osservazioni utilizzando la trascrittomica della mucosa del seno.

Il Lactococcus lactis è un probiotico che può mantenere la salute umana regolando la microflora intestinale e migliorando l'immunità. Quanto segue è la relazione tra Lactococcus lactis e immunità:

1. Aiuta a migliorare l'immunità: il Lactococcus lactis può promuovere l'integrità e la risposta immunitaria della barriera della mucosa intestinale e promuovere la proliferazione e l'attivazione delle cellule immunitarie della mucosa intestinale, migliorando così l'immunità umana.

2. Ridurre le reazioni allergiche: quando il sistema immunitario è fuori equilibrio, porterà a reazioni allergiche. Tuttavia, il Lactococcus lactis può ridurre l'insorgenza di reazioni allergiche regolando lo stato di attivazione delle cellule immunitarie nel corpo.

3. Resistenza agli agenti patogeni: il Lactococcus lactis può inibire la crescita e la riproduzione di batteri e virus dannosi attraverso l'esclusione competitiva e la produzione di sostanze antibatteriche, migliorando così l'immunità umana.

In conclusione, la presenza di Lactococcus lactis svolge un ruolo importante nell'immunità umana. Le persone possono promuovere il miglioramento dell'immunità consumando cibi ricchi di L. lactis o integrando con probiotici di L. lactis. Pertanto, dobbiamo migliorare l'immunità e comprendere l'importanza dell'immunità. Cistanche può migliorare l'immunità. Cistanche contiene una varietà di ingredienti biologicamente attivi, come polisaccaridi, funghi e Huangli. Questi ingredienti possono stimolare varie cellule del sistema immunitario e aumentare la loro attività immunitaria.

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Metodo:

Spazzolature epiteliali raccolte in modo prospettico come sottostudio del. gli studi clinici lactisW136 sono stati utilizzati per sondare le risposte epiteliali all'integrazione del microbioma utilizzando un'analisi bioinformatica priva di ipotesi dell'analisi dell'espressione genica. I campioni di ventiquattro pazienti con CRS refrattari alla gestione medica e chirurgica sono stati raccolti in modo prospettico durante uno studio clinico per valutare l'effetto di 14 giorni di irrigazione nasale BID con 1,2 miliardi di CFU di batteri probiotici vivi L. lactis W136 (CRSwNP {{8} }, CRSsNP=7). Come parte dello studio iniziale sono stati raccolti spazzolamenti sinusali guidati endoscopicamente, con spazzolamenti eseguiti immediatamente prima e dopo il trattamento. Dopo l'estrazione dell'RNA, i campioni sono stati valutati utilizzando Illumina HumanHT-12 V4 BeadChip. È stata calcolata l'espressione genica differenziale ed è stata eseguita l'analisi dell'arricchimento del percorso per identificare i processi potenzialmente implicati.

Risultati:

Trascrizioni e percorsi identificati in modo differenziale sono stati valutati per la popolazione complessiva e i fenotipi clinici di CRSwNP e CRSsNP. I modelli di risposta al trattamento erano simili in tutti i gruppi, implicando percorsi per la regolazione dell'immunità e della regolazione delle cellule epiteliali. Questi assomigliano ai modelli di miglioramento osservati dopo il successo del trattamento con chirurgia endoscopica del seno o azitromicina.

Conclusione:

La profilazione dell'espressione genica in seguito all'applicazione di batteri vivi all'epitelio del seno malato evidenzia l'implicazione di più componenti dell'asse barriera infiammazione-microbioma-epitelio implicato nella CRS. Questi effetti sembrano coinvolgere sia il ripristino epiteliale che la modulazione dell'immunità innata e adattativa, supportando il potenziale interesse di mirare all'epitelio sinusale e al microbioma come potenziali terapie CRS.

introduzione

L'omeostasi della cavità sinusale è assicurata dalla continua interazione della barriera epiteliale con il microbiota residente, che serve a condizionare non solo le risposte immunitarie ma anche la differenziazione e la rigenerazione epiteliale. La rinosinusite cronica (CRS) è una condizione infiammatoria delle vie aeree superiori di origine incerta caratterizzata dall'interruzione della normale omeostasi con conseguente infiammazione dei tessuti, disbiosi del microbioma e disfunzione epiteliale (1) I cambiamenti caratteristici includono l'infiltrazione con una miscela variabile di tipo 2 e Cellule infiammatorie di tipo 1/tipo 17 e ridotta funzione epiteliale e rigenerazione, accompagnata da concomitante disbiosi del microbioma (2). Sono stati implicati molteplici patogeni, ma Staphylococcus Aureus rappresenta un patogeno frequente e problematico, in particolare nella CRSwNP e nella popolazione anziana (3). Mentre restano da identificare gli eventi iniziali che portano allo sviluppo della malattia, si ritiene che la persistenza di questi cambiamenti tissutali rifletta la disfunzione dei tre pilastri difensivi, comportandosi come un asse epitelio-infiammazione-microbioma che garantisce la salute della cavità del seno e del suo rivestimento epiteliale.

Il concetto emergente che una gestione efficace della malattia avrà un impatto su tutte e tre le componenti dell'asse, direttamente o indirettamente tramite effetti a valle, suggerisce che tutte e tre le componenti rappresentano obiettivi per il trattamento della CRS. Mentre la disfunzione immunitaria è stata a lungo l'obiettivo principale della terapia (5), è sempre più ovvio che il targeting di altri componenti dell'asse, come l'epitelio, può anche modulare con successo la malattia (6). Trikafta), un nuovo farmaco utilizzato nella fibrosi cistica (CF) che ripristina l'espressione carente di CFTR, è associato a una risoluzione quasi completa della sinusite correlata alla fibrosi cistica, come osservato dal miglioramento dei sintomi e dal ripristino di un aspetto epiteliale quasi normale, anche in assenza di concomitante terapia antibiotica (7).

Dato il successo della modulazione della funzione epiteliale, la modulazione del microbioma può quindi rappresentare un'altra strategia e l'integrazione del microbioma nasale con batteri probiotici somministrati per via intranasale è stata precedentemente suggerita come un nuovo mezzo per trattare la CRS (8, 9). Abbiamo precedentemente dimostrato che la somministrazione intranasale di batteri Lactococcus lactis W136 è ben tollerata e migliora i sintomi, l'aspetto endoscopico della mucosa e la qualità della vita nei pazienti con CRS (9). Sono stati osservati anche effetti di modulazione del microbioma, con una maggiore abbondanza di Dolosigranulosum Pigrum, un presunto patobionte benefico recentemente identificato sia negli adulti che nei bambini come specie batterica associata alla salute del naso, dei seni paranasali, del rinofaringe e delle adenoidi. L'analisi dei sottogruppi in base al fenotipo clinico ha mostrato una riduzione dell'abbondanza di Staphylococcus aureus nei pazienti con CRSwNP e una riduzione dei ceppi multipli di Pseudomonas Aeruginosa in CRSsNP (9).

Sebbene queste osservazioni intriganti suggeriscano un effetto dell'integrazione del microbioma sulla CRS, i meccanismi alla base di questi cambiamenti restano da descrivere. Abbiamo quindi voluto caratterizzare ulteriormente i meccanismi molecolari di questi cambiamenti a livello tissutale esplorando i cambiamenti nell'espressione genica indotti dal trattamento probiotico L. lactis W136 nella mucosa del seno.

Metodi

Partecipanti e progettazione dello studio

Le spazzolature epiteliali raccolte in modo prospettico come sottostudio della sperimentazione clinica di L. lactis W136 sono state utilizzate per sondare le risposte epiteliali al microbioma utilizzando un'analisi bioinformatica priva di ipotesi dell'analisi dell'espressione genica. Il L. lactis W136 per lo studio CRS è stato descritto in dettaglio altrove (9). L'approvazione è stata ottenuta da Health Canada per la somministrazione intranasale di batteri vivi L. lactis W136 (numero di registrazione Health Canada: 191920) e dal CHUM Institutional Review Board and Ethics committee (registrazione n. 12.288) prima dell'esecuzione della prova (identificatore Clinicaltrials.gov: NCT04048174 ). Ventiquattro pazienti con CRS refrattari a precedenti terapie mediche e chirurgiche hanno ricevuto un ciclo di 14-giorni di irrigazioni sinusali BID contenenti 1,2 × 109 CFU di L. lactis W136 vivo. Nessun paziente aveva ricevuto corticosteroidi orali o terapia antibiotica topica o sistemica nei 30 giorni precedenti. Per alleviare i sintomi era consentita solo l'irrigazione salina. Esclusi erano i pazienti<18 years, CF, with technical reasons for endoscopic sinus surgery (ESS) failure, active sinus infection with purulence, pain, and/or hyperthermia, or with immune suppression from disease or medication.

Lo spazzolamento epiteliale è stato raccolto sotto controllo endoscopico utilizzando uno spazzolino per citologia gastrica a livello del recesso frontale prima della prima applicazione di probiotici al giorno 0 e il giorno successivo all'ultimo trattamento al giorno 14. L'RNA totale è stato estratto utilizzando RNeasy Mini Kit (QIAGEN, Toronto, On, Canada). L'espressione genica è stata eseguita presso il Genome Quebec Innovation Center (Montreal, Qc, Canada) utilizzando Illumina HumanHT-12 V4 BeadChip (Illumina, San Diego, CA, Stati Uniti).

Analisi dei dati di espressione genica

I dati grezzi della sonda Illumina sono stati esportati da BeadStudio e sottoposti a screening per la qualità. La pre-elaborazione e l'analisi statistica sono state condotte utilizzando il linguaggio statistico R e i pacchetti software di Bioconductor come descritto da Huber et al. (10). È stata applicata la normalizzazione dei quantili, seguita da una trasformazione log2.

Espressione genica differenziale

Per ciascuna sonda, è stato montato un modello lineare accoppiato utilizzando il pacchetto LIMMA di Bioconductor con un fattore di blocco del donatore. Il pacchetto LIMMA implementa un t-test moderato utilizzato per confrontare l'espressione genica prima e dopo la somministrazione intranasale di L. lactis rispettivamente a D0 e D14. I valori P dal confronto risultante sono stati aggiustati per test multipli secondo il metodo di Benjamini e Hochberg (11). Questo metodo controllava il tasso di false scoperte (FDR), che era impostato su 0.05.

Analisi dell'arricchimento del percorso

L'analisi dell'arricchimento del set genico (GSEA) è stata eseguita utilizzando il pacchetto del bioconduttore FGSEA utilizzando set di geni dal database delle firme molecolari (MsigDB, //www.broad.mit. edu/gsea/msigdb): Hallmark (h.all.v5. 0.symbols.gmt) (12).

I valori P dei percorsi associati a GSEA sono stati aggiustati per più correzioni del test con cut-off FDR di 0.05. GSEA è stato eseguito per valutare se un percorso biologico noto o gruppi di singoli geni fossero significativamente arricchiti tra i geni classificati dal test t moderato dopo l'analisi dell'espressione genica differenziale.

Risultati

Come precedentemente descritto nello studio clinico, tutti i 24 pazienti trattati con L. lactis W136 hanno completato lo studio (Figura 1) (9). Sono stati inclusi pazienti con sintomi e segni persistenti di CRSsNP o CRSwNP nonostante fossero stati sottoposti a un intervento chirurgico tecnicamente adeguato e continuassero a utilizzare la terapia medica massimale, comprese le irrigazioni di budesonide ad alto volume post-operatorio (CRS "refrattaria"). Le caratteristiche di base della popolazione sono state delineate in Endam et al. (9). Complessivamente, 14 giorni di trattamento con L. lactis hanno migliorato la sintomatologia sinusale specifica, il punteggio SNOT-22 e l'aspetto della mucosa all'endoscopia, con benefici cambiamenti del microbioma. L'espressione genica differenziale tra le condizioni pre e post trattamento è stata valutata per campioni accoppiati solo in (i) Tutti i CRS (N=20), (ii) Sottogruppo CRSwNP (N=16) (iii) Sottogruppo CRSsNP (N=4) e (iv) Rispondenti (N=10) (come definito da una riduzione del punteggio SNOT-22 di 8,9 o superiore). I responder includevano sia pazienti CRSwNP (N=8) che CRSsNP (N=2). La valutazione trascrittomica ha dimostrato differenze associate al trattamento. Singole trascrizioni geniche con FDR inferiore o uguale al 5 percento e maggiore o uguale a 1.2-fold-change in expression sono stati notati solo nei gruppi "All CRS" e nel sottogruppo CRSwNP (Tabella 1 e Supplementare Materiale). Rispetto a CRSwNP, l'espressione di pochissimi geni è stata significativamente modificata dopo il trattamento in CRSsNP, presumibilmente come conseguenza del basso numero di individui in quel sottogruppo. Espressione genica Le mappe di calore del gene superiore espresso in modo differenziato (Figure supplementari S1- S4) rivelano modelli di espressione genica differenziale simili per tutte le popolazioni, suggerendo un modello di risposta comune.

È stata eseguita un'analisi di arricchimento del percorso per identificare potenziali meccanismi sottostanti di risposta al trattamento (Figura 2 e Figura supplementare S5). Sono stati identificati percorsi significativamente associati per tutti i gruppi e hanno rivelato che il trattamento con Lactococcus Lactis W136 ha indotto la sovraregolazione del ciclo cellulare, della crescita e dei percorsi di proliferazione. Mentre i percorsi distintivi arricchiti erano simili tra i gruppi, le differenze erano più significative nei gruppi TUTTI CRS e CRSwNP. In particolare, un meccanismo comune sembra coinvolgere la sovraregolazione del ciclo cellulare e della trascrizione (target E2F, transizione epiteliale-mesenchimale, checkpoint G2M, target MYC, secrezione proteica, fuso mitotico), regolazione delle specie reattive dell'ossigeno (ROS) (ipossia, via ROS, fosforilazione ossidativa). La modulazione dell'immunità è stata anche indicata dalla sovraregolazione delle vie di segnalazione (segnalazione PI3K-AKT-MTOR, segnalazione MTORC1, segnalazione TGF beta) accompagnata dalla sottoregolazione delle risposte immunitarie adattative (rifiuto dell'allotrapianto) e di tipo 1- (interferone alfa risposta, risposta interferone-gamma). L'espressione differenziale in percorsi significativi selezionati dimostra un modello coerente di potenziamento del rinnovamento epiteliale in risposta al trattamento probiotico. Il rafforzamento di questa firma trascrizionale nella popolazione limitata ai risponditori SNOT-22 ha indicato che questi erano associati a miglioramenti clinici osservati. I percorsi erano simili tra i fenotipi di CRSsNP e CRSwNP, suggerendo un meccanismo di effetto comune in entrambe le popolazioni (Tabella 2). I percorsi identificati sono vagamente raggruppati nel ciclo cellulare e nella differenziazione, nella regolazione delle specie reattive dell'ossigeno (ROS), nella riparazione del DNA e nei percorsi correlati all'infiammazione. Nonostante le dimensioni ridotte dei gruppi ostacolino l'analisi, i risultati dimostrano un meccanismo di risposta coerente tra i gruppi.

Discussione

Esploriamo i meccanismi alla base della risposta alla somministrazione intranasale di L. lactis W136 vivo in pazienti con CRS refrattaria utilizzando la trascrittomica. Ciò integra il nostro materiale precedentemente riportato sui cambiamenti del microbioma osservati con la somministrazione BID di 1,2 miliardi di CFU di Lactococcus Lactis W136 direttamente nelle cavità nasali e sinusali (9). Uno studio precedente di Martensson et al. (8) hanno riportato la somministrazione intranasale di una miscela di lattobacilli derivati ​​dalle api mellifere, non è stato osservato alcun cambiamento nei mediatori campionati né nel microbioma sinonasale. Più recentemente, il Lactobacillus somministrato per via intranasale è stato ben tollerato dai soggetti CRS, non vi è stata alcuna valutazione clinica o meccanicistica dei risultati (9).

Il presente lavoro utilizza metodi trascrittomici per comprendere le basi meccanicistiche degli effetti dei probiotici topici sulla superficie nasale e sinusale. Descriviamo che la somministrazione di L. lactis è associata all'espressione genica differenziale che coinvolge percorsi biologici non solo implicati nella regolazione dell'immunità, ma anche nella regolazione epiteliale, come suggerito dall'identificazione di percorsi che contribuiscono alla proliferazione cellulare, alla segnalazione di sopravvivenza e alla riparazione del danno del DNA . I cambiamenti trascrittomici associati alla terapia probiotica con L. lactis W136 suggeriscono quindi un effetto benefico sulla progressione del ciclo cellulare e sul ripristino della funzione epiteliale.

L'integrità cellulare e strutturale è essenziale per il corretto funzionamento della barriera epiteliale. Abbiamo precedentemente documentato che la risposta epiteliale al ferimento è compromessa nella CRS (9). I miglioramenti osservati in questo studio clinico che suggeriscono una maggiore rigenerazione e riparazione epiteliale possono riflettere un miglioramento in questi processi.

Segnaliamo che la funzione immunitaria è stata costantemente sottoregolata dopo il trattamento, con diminuzioni osservate nella risposta all'interferone, nell'infiltrazione e nell'attivazione delle cellule T e nella reazione dell'allotrapianto. La modulazione immunitaria è una caratteristica dei probiotici (13), quindi non è sorprendente vederla dimostrata qui. Un segnale per la modulazione della segnalazione dell'interferone alfa e gamma può riflettere una riduzione dei componenti non di tipo 2 della risposta infiammatoria CRS (14), in cui livelli persistentemente elevati di interferone esercitano effetti dannosi compromettendo la forza e la coordinazione delle successive risposte immunitarie e ostacolando funzione cellulare (15). Questi cambiamenti possono contribuire allo sviluppo delle caratteristiche di transizione da epiteliale a mesenchimale della CRS (16). Inoltre, alti livelli di mediatori dell'infiammazione di tipo 1 sono associati a un difetto funzionale nella riparazione epiteliale nelle cellule epiteliali respiratorie (17).

Ciò è coerente con i nostri risultati. La somministrazione di L. lactis è stata anche associata all'espressione genica differenziale che coinvolge percorsi biologici implicati nella regolazione epiteliale, come suggerito dall'identificazione di percorsi che contribuiscono alla proliferazione cellulare, alla segnalazione di sopravvivenza e alla riparazione del danno al DNA. I cambiamenti trascrittomici associati alla terapia probiotica con L. lactis W136 suggeriscono quindi un effetto benefico sulla progressione del ciclo cellulare e sul ripristino della funzione epiteliale. L'integrità cellulare e strutturale è essenziale per il corretto funzionamento della barriera epiteliale (18).

Abbiamo precedentemente documentato che la risposta epiteliale al ferimento è compromessa nella CRS (19). I miglioramenti osservati in questo studio clinico suggeriscono che una maggiore rigenerazione e riparazione epiteliale può quindi riflettere un miglioramento in questi processi.

La profondità e l'ampiezza degli effetti dell'integrazione probiotica di L. lactis W136 sulla funzione cellulare ed epiteliale non erano attese, tuttavia, questi sono coerenti con precedenti rapporti che mostrano una migliore riepitelizzazione dei cheratinociti a seguito di lesioni con Lactobacillus rhamnosus GG lisato in un modello di saggio di graffio (20) e la nostra comprensione in evoluzione della malattia CRS. La barriera epiteliale svolge un ruolo importante nel processo patologico. Oltre al suo ruolo di barriera fisica contro agenti patogeni e sostanze irritanti, le cellule epiteliali sono responsabili dell'avvio e del coordinamento delle risposte difensive (6). Poiché la rigenerazione e la riparazione epiteliale sono alterate nei pazienti con CRS, l'aumento dell'espressione genica in molteplici aspetti del ciclo cellulare suggerisce un effetto benefico della somministrazione intranasale dell'integrazione di L. lactis sul ripristino della funzione delle cellule epiteliali e sulla progressione del ciclo cellulare. Questi cambiamenti sono stati osservati dopo soli 14 giorni di trattamento rispetto alla durata del trattamento utilizzata in altri studi, che è di quattro mesi. Pertanto, l'effetto benefico dovrebbe essere maggiore con un'integrazione prolungata di L. lactis.

Presi insieme, questi risultati dimostrano che la somministrazione di L. lactis W136 influenza molteplici processi che si estendono oltre la regolazione immunitaria, suggerendo effetti sulla barriera epiteliale che possono potenzialmente modulare la composizione del microbioma.

Limiti dello studio

Questo studio non è uno studio controllato da un gruppo parallelo e non è possibile un confronto diretto con le irrigazioni con sola soluzione salina. Tuttavia, nello studio clinico, l'uso della sola irrigazione salina durante il periodo di rodaggio è stato associato all'aggravamento dei sintomi della CRS e al deterioramento dell'aspetto della mucosa in seguito alla sospensione dei farmaci. Inoltre, la dimensione del campione è relativamente piccola, in particolare nei gruppi "CRSsNP" e "Responders" che sono più piccoli della "popolazione complessiva". Il modello di risposta è comunque simile tra i gruppi e quindi i risultati non dovrebbero essere scontati.

Inoltre, non vi è alcuna registrazione del fatto che la soluzione salina da sola influenzi l'espressione genica. Mentre è stato dimostrato che le irrigazioni saline non influenzano la composizione del microbioma nei pazienti con CRS (5), ciò non è stato valutato in uno studio comparativo sull'espressione genica. Tuttavia, i pazienti avevano già ricevuto due settimane di solo risciacquo con soluzione salina durante il periodo di run-in di 14- giorni senza alcun beneficio clinico, pertanto è improbabile che i cambiamenti siano secondari alla sola soluzione salina. Infine, i cambiamenti sono stati valutati dopo soli 14 giorni di trattamento, che è un breve periodo di trattamento, rispetto ad altri studi sulla CRS refrattaria (21). Gli effetti osservati potrebbero quindi essere maggiori con una somministrazione più prolungata.

Conclusione

La valutazione trascrittomica suggerisce che i miglioramenti in seguito all'applicazione di batteri vivi all'epitelio del seno malato nella CRS refrattaria sembrano coinvolgere più componenti dell'asse barriera infiammazione-microbioma-epiteliale implicato nella CRS. La terapia probiotica L. lactis W136 influenza sia il ripristino epiteliale che la modulazione dell'immunità innata e adattativa, supportando il potenziale interesse di mirare all'epitelio sinusale e al microbioma come potenziali terapie CRS.

Porta il messaggio a casa

Il profilo trascrittomico suggerisce che gli effetti del batterio probiotico Lactococcus lactis W136 vivo sull'epitelio del seno malato nella CRS refrattaria coinvolgono non solo la modulazione dell'infiammazione di tipo 1 e del microbioma, ma implicano anche il ripristino dell'integrità dell'asse della barriera epiteliale.

Dichiarazione sulla disponibilità dei dati

I contributi originali presentati nello studio sono inclusi nell'articolo/Materiali supplementari, ulteriori richieste possono essere indirizzate all'autore corrispondente.

Dichiarazione etica

Gli studi che hanno coinvolto partecipanti umani sono stati esaminati e approvati da L'approvazione è stata ottenuta da Health Canada per la somministrazione intranasale di batteri vivi L. lactis W136 (numero di registrazione Health Canada: 191920) e dal CHUM Institutional Review Board and Ethics Committee (registrazione n. 12.288) prima le prestazioni di prova (identificatore Clinicaltrials.gov: NCT04048174). I pazienti/partecipanti hanno fornito il loro consenso informato scritto a partecipare a questo studio.

Contributi d'autore

SA-R: reclutamento dei pazienti, analisi dei dati, revisione della letteratura, preparazione del manoscritto. OH: analisi dei dati, revisione della letteratura, preparazione del manoscritto. LEM: disegno dello studio, reclutamento dei pazienti, raccolta dati e risultati. AF-M: Elaborazione e analisi dei dati di espressione di geni e pathway. AP: ideazione dello studio, analisi dei dati, revisione della letteratura, preparazione del manoscritto. ARF: analisi dei dati, preparazione del manoscritto. MD: ideazione dello studio, disegno dello studio, analisi dei dati, preparazione del manoscritto. Tutti gli autori hanno contribuito all'articolo e hanno approvato la versione presentata.

Finanziamento

MD: Merck Research Funds, McGill University, Montreal, Canada (sperimentazione clinica probiotica), fondi interni. CHUM (Analisi dell'espressione).

Conflitto d'interesse

MD: azionista, Probionase Therapies Inc. Finanziamento della sperimentazione clinica: Pfizer, AstraZeneca, GlaxoSmithKline e Sanofi.

Nota dell'editore

Tutte le affermazioni espresse in questo articolo sono esclusivamente quelle degli autori e non rappresentano necessariamente quelle delle loro organizzazioni affiliate o quelle dell'editore, degli editori e dei revisori. Qualsiasi prodotto che può essere valutato in questo articolo, o affermazione che può essere fatta dal suo produttore, non è garantito o approvato dall'editore.

Materiale supplementare

Figura supplementare S1. Valutazione trascrittomica della risposta al Lactococcus lactis W136 intranasale in tutti i pazienti con CRS. Heatmap dei primi 50 geni espressi in modo differenziato con un FDR < 0,05.

Figura supplementare S2. Valutazione trascrittomica della risposta al Lactococcus lactis W136 intranasale nel sottogruppo di sinusite cronica con polipi nasali (CRSwNP). Heatmap dei primi 50 geni espressi in modo differenziato con un FDR < 0,05.

Figura supplementare S3. Valutazione trascrittomica della risposta al Lactococcus lactis W136 intranasale nel sottogruppo della sinusite cronica senza polipi nasali (CRSsNP). Heatmap dei primi 50 geni espressi in modo differenziato con un FDR < 0,05.

Figura supplementare S4. Valutazione trascrittomica della risposta al Lactococcus lactis W136 intranasale nel sottogruppo del responder. Heatmap dei primi 50 geni espressi in modo differenziato con un FDR < 0,05.

Figura supplementare S5. Risposta trascrizionale a 14 giorni di Lactococcus lactis W136. Gene Set Expression Analysis (GSEA) di risposta al trattamento. (a) Tutti i pazienti con CRS, (b) sinusite cronica con polipi nasali (CRSwNP), (c) sinusite cronica senza polipi nasali (CRSsNP), (d) Responder. L'espressione differenziale in percorsi significativi selezionati dimostra un modello coerente di potenziamento del rinnovamento epiteliale (E2F TARGETS, EPITELIAL MESENCHYMAL TRANSITION, G2M CHECKPOINT, MYC TARGETS V1, MYC TARGETS V2, PROTEIN SECRETION, MITOTIC SPINDLE), aumento della riparazione del DNA (P53 PATHWAY, UV RESPONSE DN , RISPOSTA UV UP), regolazione delle specie reattive dell'ossigeno (ROS) (IPOSSIA, REACTIVE OXIGEN SPECIES PATHWAY, OXIDATIVE FHOSPHORYLATION), attivazione delle vie di segnalazione (PI3K AKT MTOR SIGNALING, MTORC1 SIGNALING, TGF BETA SIGNALING) e downregulation della segnalazione immunitaria adattiva e innata (RIFIUTO DELL'ALLOTRAPIANTO, RISPOSTA ALL'INTERFERONE ALFA, RISPOSTA ALL'INTERFERONE GAMMA). Tutti i percorsi presentati hanno un FDR < {{10}}.05. I dati sono presentati come punteggi di arricchimento normalizzati (NES) in cui i valori > 0 rappresentano la sovraregolazione e i valori <0 rappresentano la sottoregolazione quando si confrontano i non responder con i responder.

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