La microgravità simulata influenza i biomarcatori legati all'immunità nel cancro del polmone
Aug 10, 2023
Astratto: La microgravità è una nuova strategia che può servire come strumento complementare per sviluppare future terapie contro il cancro. Nel cancro del polmone, l’influenza della microgravità sui processi cellulari e sulla capacità migratoria delle cellule è ben studiata. Tuttavia, il suo effetto sui meccanismi che guidano la progressione del cancro del polmone rimane nella fase iniziale. In questo studio, è stato dimostrato che 13 geni espressi in modo differenziale sono associati alla prognosi del cancro ai polmoni in condizioni di microgravità simulata (SMG). Utilizzando l'analisi dell'arricchimento del set di geni, questi geni vengono arricchiti nelle vie dell'immunità umorale. Al contrario, le cellule alveolari basali-epiteliali (A549) sono state esposte all'SMG tramite un sistema clinostato 2D in vitro. Oltre al cambiamento morfologico e alla diminuzione del tasso di proliferazione, SMG ha invertito il fenotipo di transizione epiteliale-mesenchimale (EMT) di A549, un meccanismo chiave nella progressione del cancro. Ciò è stato evidenziato da una maggiore espressione epiteliale della E-caderina e da una diminuzione dell'espressione mesenchimale della N-caderina, mostrando quindi uno stato meno metastatico. È interessante notare che abbiamo osservato una maggiore espressione di FCGBP, BPIFB, F5, CST1 e CFB e la loro correlazione con EMT sotto SMG, rendendoli potenziali biomarcatori soppressori del tumore. Insieme, questi risultati rivelano nuove opportunità per stabilire nuove strategie terapeutiche per il trattamento del cancro del polmone.
Parole chiave: microgravità simulata; EMT; cancro ai polmoni; metastasi; soppressore del tumore; biomarcatore

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1. Introduzione
Lo spazio è noto per la mancanza del vettore di gravità, che influenza il corpo a livello di organi, tessuti e cellule. La microgravità, una condizione di apparente assenza di gravità, è un significativo fattore di stress spaziale noto per avere un impatto significativo sulla salute umana, come perdita ossea, atrofia muscolare e decondizionamento cardiaco [1,2]. L’impatto della microgravità sulle cellule tumorali è stato anche un crescente punto focale di interesse nella ricerca spaziale e sul cancro. È stato dimostrato che la microgravità sopprime l’attività delle cellule immunitarie e distrugge i sistemi multicorpo, il che può aumentare il rischio di sviluppare il cancro [2–4]. A causa di questi ovvi problemi di salute, l’ambiente di microgravità ha consentito ai ricercatori di studiare i meccanismi biofisici influenzati dalla microgravità e ha contribuito a scoprire terapie per disturbi neurodegenerativi, immunoterapie e terapie antitumorali potenzialmente migliori e più mirate [4–6]. Numerosi studi hanno ben documentato e esaminato le ampie implicazioni che la microgravità ha sulla progressione cellulare, sulla proliferazione e sull’apoptosi in una miriade di linee cellulari tumorali, compreso il cancro del polmone [7–12]. Tuttavia, molti altri studi che coinvolgono la microgravità hanno dimostrato di indurre cambiamenti nell’espressione genica coinvolti nella proliferazione, metastasi e sopravvivenza delle cellule tumorali, spostando le cellule verso un fenotipo meno aggressivo [13,14]. Ciò potrebbe far luce su nuove comprensioni della biologia e della diagnosi dei tumori, evidenziando quindi la microgravità come uno strumento innovativo per scoprire nuovi bersagli nella speranza di sviluppare nuovi approcci di ricerca e migliorare le strategie terapeutiche. Il cancro del polmone, con il cancro polmonare non a piccole cellule (NSCLC) come il tipo più importante, è una delle principali cause di morte, rappresenta il 12% di tutti i tumori ed è il cancro più comunemente diagnosticato [15]. Negli studi che coinvolgono la microgravità, che possono guidarci a comprendere meglio il processo cancerogeno, è stato dimostrato che le cellule del cancro del polmone perdono la loro staminalità dopo l’esposizione alla microgravità, influenzando così la crescita e la funzione delle cellule tumorali [11]. Uno studio di Ahn et al. hanno dimostrato che l'esposizione delle cellule di cancro del polmone (A549) alla microgravità induceva una rapida migrazione e proliferazione. Ciò è stato spiegato dai livelli sovraregolati delle metalloproteasi della matrice (MMP-2 e MMP-9) in condizioni di microgravità, giocando così un ruolo cruciale nell'invasione e nella migrazione del cancro [10]. In un altro studio, Chung et al. hanno scoperto che la microgravità simulata non ha influenzato in modo significativo la proliferazione delle cellule del cancro del polmone ma piuttosto ha aumentato la migrazione rispetto al gruppo di controllo in condizioni di gravità normale [16]. Al contrario, Chang et al. hanno mostrato una riduzione della migrazione nella linea cellulare di cancro polmonare A549 dopo 24 ore di esposizione a condizioni di microgravità [17]. Nonostante gli effetti significativi della microgravità sul comportamento cellulare, che comprende apoptosi, migrazione e invasività, il suo effetto sul cancro ai polmoni deve ancora essere completamente chiarito. È risaputo che le cellule epiteliali subiscono diversi cambiamenti biochimici per stabilire un fenotipo mesenchimale che migliora la resistenza all'apoptosi, l'invasività e le capacità migratorie. Tale processo biologico è noto come transizione epitelio-mesenchimale (EMT), un segno distintivo della progressione del cancro [18]. La relazione tra EMT e progressione del cancro è stata ampiamente discussa. È noto che i tumori attivano l’EMT sovraregolando i fattori di trascrizione, esprimendo proteine della superficie cellulare e producendo enzimi che degradano l’ECM. Una volta attivato l’EMT, le cellule tumorali perdono l’adesione cellula-cellula e acquisiscono proprietà migratorie e invasive [19]. Solo due studi hanno dimostrato che la microgravità simulata induce una transizione transitoria epiteliale-mesenchimale (EMT) nei cheratinociti [9]. Inoltre, tali fenomeni sono stati evidenziati nelle cellule MCF-7 e HUVEC [20]; tuttavia, nessuno studio si è concentrato sull’effetto della microgravità sull’EMT nel cancro del polmone. Nonostante le numerose scoperte cruciali fatte sulla capacità della microgravità di modulare i processi tumorigenici e metastatici del cancro, gli esatti meccanismi guidati dalla microgravità rimangono relativamente sconosciuti, rendendo quindi aperte le domande riguardanti i cambiamenti adattativi che si verificano a livello molecolare. In questo studio, abbiamo identificato una firma di geni immuno-correlati (FCGBP, BPIFB1, F5, CFB e CST1) che mostravano significativamente un aumento dell'espressione di mRNA nelle cellule A549 sotto l'effetto della microgravità simulata (SMG). Inoltre, abbiamo valutato il contributo dell'SMG nella progressione del cancro A549 tramite la regolazione EMT. FCGBP, BPIFB1, F5, CFB e CST1 e la loro correlazione con i marcatori chiave EMT hanno mostrato un fenotipo potenzialmente meno metastatico del cancro del polmone sotto SMG. I risultati di questo studio forniscono una base per le indagini future necessarie per identificare i meccanismi sottostanti, che svilupperanno la nostra comprensione e aiuteranno nello sviluppo di nuove strategie terapeutiche per il trattamento del cancro del polmone.

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2. Risultati
2.1. Principali geni differenzialmente espressi comuni identificati nelle cellule di cancro polmonare in condizioni di microgravità simulata (SMG) rispetto alla gravità al suolo (GG)
Per identificare i geni coinvolti nel cancro del polmone in condizioni di microgravità simulata (SMG), abbiamo inizialmente studiato i geni che sono espressi in modo differenziale sotto SMG rispetto alla gravità terrestre (GG) per il cancro del polmone umano utilizzando il database Gene Expression Omnibus (GEO) disponibile al pubblico. Sono stati scelti due set di dati, GSE78210 e GSE36931, che includono l'espressione genica per due diverse linee cellulari di cancro al polmone umano, A549 e Colo699, coltivate in condizioni di coltura cellulare 2D e 3D. Le differenze nei profili di espressione genetica tra i campioni SMG e GG sono state presentate nei grafici dei vulcani (Figura 1). I geni identificati differenzialmente espressi (DEG; Figura 2) per ciascun set di dati sono stati divisi in quelli sovraregolati nel cancro del polmone (21 geni in A549 e 29 geni in Colo699 del set di dati GSE78210 e 47 geni in A549 del set di dati GSE36931) e quelli che sono sottoregolati per cancro al polmone I (40 geni in A549 e 27 geni Colo699 del set di dati GSE78210 e 87 geni in A549 del set di dati GSE36931), come rappresentato nella Tabella 1. Tredici DEG erano significativamente altamente espressi nelle cellule A549 dei set di dati GSE78210 e GSE36931 in SMG rispetto alla condizione GG. I principali geni più comuni sono stati identificati utilizzando lo strumento web InteractiVienn (Figura 2A). I geni candidati includono AZGP1, CFB, NOX1, VTCN1, AGR3, GDA, TCN1, CST1, F5, CEACAM6, BPIFB1, FCGBP e BPIFA1. Per stabilire se i DEG identificati sono coinvolti in percorsi comuni, i geni candidati sono stati caricati su Metascape (http://metascape.org; accesso l'11 novembre 2021). È interessante notare che questi geni sono arricchiti in percorsi che coinvolgono la risposta immunitaria umorale e l'esocitosi regolata (Figura 2B).

Figura 1. Grafico del vulcano che mostra i geni differenzialmente espressi (DEG) utilizzando GEO Omnibus. (A) Grafico del vulcano che mostra i DEG sotto gli effetti SMG e GG nelle celle A549 utilizzando i set di dati (A) GSE78210 e (B) GSE36931. (C) Grafico del vulcano che mostra i DEG sotto gli effetti SMG e GG nella linea cellulare Colo699 utilizzando il set di dati GSE78210. Il colore rosso indica geni sovraregolati, mentre il colore blu indica geni sottoregolati.
Tabella 1. Geni totali espressi in modo differenziale a SMG rispetto a GG nelle linee cellulari di cancro al polmone A549 e Colo699. Per ogni set di dati sono state apportate modifiche alle pieghe adattate per estrarre il 5% superiore dei DEG. Per GSE36931, il fold change (FC) è stato aggiustato per includere solo i geni con un FC maggiore o uguale a 4 o minore o uguale a -4. Per GSE78210, FC è stato aggiustato per includere solo i geni con un FC maggiore o uguale a 3 o inferiore o uguale a -3.


Figura 2. Tredici DEG comunemente condivisi tra i set di dati GSE78210 e GSE36931 nel cancro del polmone. (A) Diagramma di Venn che mostra 134 GRADI in GSE36931 (linea cellulare A549), 61 GRADI in GSE78210 (linea cellulare A549) e 56 GRADI in GSE78210 (linea cellulare Colo699) in condizioni SMG rispetto a GG. Dei 251 geni identificati totali, 13 DEG sono risultati comuni tra i due set di dati, GSE78210 e GSE36931, nella linea cellulare A549. Il diagramma di Venn è stato generato utilizzando InteractiVinn.
2.2. I geni differenzialmente espressi erano correlati alla prognosi clinica dei pazienti con adenocarcinoma polmonare
I geni differenzialmente espressi sono correlati alla prognosi clinica dei pazienti con adenocarcinoma polmonare Per valutare il valore prognostico clinico dei geni candidati nei pazienti con adenocarcinoma polmonare, plotter Kaplan–Meier (http://www.kmplot.com/; accesso effettuato l'11 novembre 2{ {44}}21) è stato utilizzato per confrontare la sopravvivenza globale (OS) dei pazienti con adenocarcinoma polmonare (LUAD) con espressione alta/intermedia rispetto a quella bassa dei geni candidati (Figura 3). Livelli elevati di espressione dell'mRNA di NOX1 (hazard ratio (HR), 1,45; intervallo di confidenza al 95% (CI), 1,11–1,9; p=0.0058), GDA (HR , 1,74; IC al 95%, 1,33–2,26; p=3,2e-05), TCN1 (HR, 1,62; IC al 95%, 1,26–2,08; p=0,00014), e BPIFA1 (HR, 1,44; IC al 95%, 1,12–1,84; p=0,0026) sono risultati significativamente associati a una prognosi sfavorevole (Figura 3A–D). D'altra parte, livelli elevati di espressione di mRNA di FCGBP (HR, 0,63; IC al 95%, 0,46–0,85; p=0.0026) erano associati a una prognosi migliore e a una sopravvivenza globale più elevata nei pazienti LUAD (Figura 3E). Non c'era alcuna correlazione significativa tra l'mRNA

Figura 3. FCGBP, CST1, F5, CFB e BPIFB1 sono correlati alla prognosi clinica dei pazienti con adenocarcinoma polmonare. Curve di sopravvivenza di Kaplan-Meier dei livelli di espressione dell'mRNA dei geni candidati: (A) NOX1; (B) GDA; (C) TCN1; (D)PLUNC; (E) FCGBP; (F)AZGP1; (G) H2Bf; (H) B7X; (I) AGR3; (J) CEACAM6; (K) FA5; (L) BPIFB1; e (M) CST1 nei pazienti con adenocarcinoma polmonare. HR: rapporto di rischio.

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2.3. Espressione di FCGBP, BPIFB1, F5, CFB e CST1 in cellule A549 microgravità post-simulata
Per convalidare l'espressione dei geni identificati in silico (AZGP1, CFB, NOX1, VTCN1, AGR3, GDA, TCN1, CST1, F5, CEACAM6, BPIFB1, FCGBP e BPIFA1), è stata eseguita un'applicazione in vitro utilizzando qRT-PCR. È interessante notare che, utilizzando qRT-PCR, i nostri dati hanno mostrato una significativa sovraregolazione dell'espressione dell'mRNA di FCGBP, in particolare a 48 e 72 ore nelle cellule A549, post-SMG rispetto a GG (Figura 4A). Inoltre, le espressioni di mRNA di CFB, F5 e BPIFB1 erano significativamente sovraregolate a 72 ore post-SMG e rispetto a GG, nelle cellule A549 (Figura 4B, C, E). È stato rilevato un leggero aumento, sebbene non significativo, nell'espressione dell'mRNA per CTS1 in condizioni SMG rispetto a GG (Figura 4D). Le espressioni di AZGP1, AGR3, GDA, VTCN1, BPIFA1, NOX1, CEACAM5 e TCN1 erano indeterminate sia per SMG che per GG (dati non mostrati).

Figura 4. Sovraregolazione di FCGBP, CST1, F5, CFB e BPIFB1 in condizioni SMG in vitro. Livelli di espressione di mRNA di (A) FCGBP, (B) CFB, (C) F5, (D) CTS1 e (E) BPIFB1, quantificati mediante qRT-PCR e normalizzati in GAPDH in cellule A549 sottoposte a condizioni GG e SMG per 24 , 48 e 72 ore. I grafici a barre mostrano i risultati di 3 esperimenti indipendenti (n=3). * p < 0.05, ** p < 0.01, *** p < 0,001 e **** p < 0,0001.
Nel complesso, questi dati implicano che FCGBP, F5, CFB e BPIFB1 espressi in modo differenziale nel cancro del polmone possono svolgere un ruolo importante nella progressione del cancro del polmone.
2.4. La microgravità simulata riduce la vitalità cellulare e inverte la transizione epiteliale-mesenchimale nella linea cellulare di cancro polmonare A549
Per studiare se l'SMG influisce sul potenziale di proliferazione delle cellule A549, è stato eseguito un test di vitalità cellulare utilizzando un test di esclusione del trypan blue. I nostri dati hanno rivelato che l'SMG ha indotto in modo significativo una diminuzione dipendente dal tempo della proliferazione cellulare (Figura 5B). La diminuzione della proliferazione cellulare è stata significativa soprattutto dopo 48 e 72 ore post-SMG rispetto al GG, che ha mostrato un aumento della proliferazione cellulare delle cellule A549. Parallelamente, è stato rilevato un cambiamento nella morfologia cellulare nelle cellule A549 sotto SMG. Per valutare questi cambiamenti, le cellule sono state rimosse dalla condizione SMG, seminate su piastre a pozzetti 24- e osservate al microscopio ottico dopo 1 ora di applicazione di SMG. È interessante notare che le cellule esposte all'SMG hanno rivelato una morfologia granulare e aggregata post-SMG. (Figura 5A).

Figura 5. La microgravità simulata riduce la vitalità cellulare e induce cambiamenti morfologici nelle cellule A549 in modo dipendente dal tempo. (A) Micrografie rappresentative di cellule parentali A549 (GG) e cellule A549 sottoposte a SMG per 24, 48 e 72 ore prima di rimetterle a nuovo per 1 ora sotto GG. Le immagini sono state scattate con un ingrandimento di 10X. (B) La vitalità cellulare delle cellule A549 è stata valutata utilizzando il test di esclusione del colorante blu trypan. La vitalità cellulare media di 3 esperimenti indipendenti viene visualizzata come controllo percentuale. **** p < 0.0001. Figura 5. La microgravità simulata riduce la vitalità cellulare e induce cambiamenti morfologici nelle cellule A549 in modo dipendente dal tempo. (A) Micrografie rappresentative di cellule parentali A549 (GG) e cellule A549 sottoposte a SMG per 24, 48 e 72 ore prima di rimetterle a nuovo per 1 ora sotto GG. Le immagini sono state scattate con un ingrandimento 10X. (B) La vitalità cellulare delle cellule A549 è stata valutata utilizzando il test di esclusione del colorante blu trypan. La vitalità cellulare media di 3 esperimenti indipendenti viene visualizzata come controllo percentuale. **** p < 0,0001.

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Per comprendere i dati ottenuti sulla diminuzione della proliferazione cellulare in A549, abbiamo valutato il contributo dell'SMG al meccanismo di transizione epiteliale-mesenchimale (EMT). L’EMT è un segno distintivo e un importante meccanismo che guida la progressione del cancro e la metastasi, migliorandone così la motilità cellulare e le proprietà invasive [19]. I marcatori EMT chiave (E-caderina, N-caderina, ZO-1 e Lumaca) e i livelli di espressione di mRNA delle metalloproteinasi MMP-2 e MMP-9 sono stati misurati mediante qRT-PCR in A549, sotto sia GG che SMG (Figura 6). Dopo l'applicazione di SMG, è stato osservato un aumento significativo dell'espressione dell'mRNA della E-caderina, parallelo a una significativa diminuzione dell'espressione dell'mRNA della N-caderina, a 48 e 72 ore dopo l'SMG (Figura 6A, B). Su SMG sono stati rilevati un aumento non significativo di ZO-1 e MMP-9 e una diminuzione del fattore di trascrizione della lumaca (Figura 6C–E). L'MMP-2 era significativamente diminuito in A549 a 48 ore dopo l'SMG (Figura 6F), indicando una forma meno invasiva. Collettivamente, questi dati supportano un fenotipo di transizione mesenchimale-epiteliale (MET) indotto da SMG in A549.

Figura 6
2.5. Il percorso di transizione epiteliale-mesenchimale è correlato all'espressione di FCGBP, BPIFB1, F5, CFB e CST1
Per ottenere ulteriori informazioni meccanicistiche sul ruolo potenziale dei geni identificati in A549 e sulla loro possibile correlazione con EMT in condizioni SMG, è stata condotta un'analisi dell'interazione genetica utilizzando GeneMANIA contro i marcatori del gene EMT. La Figura 7 mostra le interazioni genetiche tracciate tra i geni EMT E-caderina (CDH1), N-caderina (CDH2), TJP1, CTNNB1, SNAI1 (Snail), ZO-1 e -catenina, rispettivamente. Conoscendo il loro ruolo significativo nell'invasione e nella migrazione del cancro, nell'analisi sono state incluse anche le metalloproteinasi MMP-2 e MMP-9. I nodi identificano modelli di coespressione tra i geni di diversa intensità in base allo spessore del nodo. I geni candidati mostrano un grado di coespressione tra loro; BPIFB1 è coespresso con CFB e CST1; FCGBP è coespresso con F5, CST1 e CFB; CST1 è co-espresso con CFB e F5 è co-espresso con CFB, CST1 e BPIFB1. Sono stati inoltre identificati nodi di coespressione tra i geni EMT e i geni candidati; CDH1 è co-espresso con FCGBP e F5; CDH2 è coespresso con F5, CST1, BPIFB1 e FCGBP; CTNNB1 è coespresso con CST1 e FCGBP; SNAI1 è coespresso con CST1, F5 e BPIFB1; TPJ1 è coespresso con CST1, FCGBP e F5; CTNNB1 è coespresso con CST1 e FCGBP; MMP2 è co-espresso con BPIFB1 e CST1; e MMP9 è co-espresso con F5, CST1, FCGBP e CFB. Questi risultati suggeriscono una correlazione significativa tra i nuovi geni identificati e i marcatori EMT in condizioni SMG, possibilmente correlata ai percorsi EMT.

Figura 7. FCGBP, CST1, F5, CFB e BPIFB1 sono correlati al percorso EMT. Rete di interazione gene-gene di geni candidati selezionati; FCGBP, CST1, F5, CFB e BPIFB1 con geni EMT; CDH1, CDH2, TJP1, CTNNB1 e SNAI1, nonché i geni correlati alla migrazione cellulare MMP2 e MMP9 generati da GeneMANIA (http://genemania.org/; accesso l'11 novembre 2021) per identificare le interazioni tra i geni candidati con EMT e marcatori di migrazione cellulare. I diversi colori del bordo della rete indicano i metodi bioinformatici applicati: previsione del sito web (arancione), interazioni fisiche (rosso), co-espressione (viola), domini proteici condivisi (marrone), percorso (azzurro), co-localizzazione (scuro blu) e interazioni genetiche (verde)
3. Discussione

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Discussione Il cancro ai polmoni, una delle malattie più importanti e minacciose a livello mondiale, ha recentemente guadagnato molta attenzione nella "ricerca spaziale". Tuttavia, nonostante i progressi in questo campo, la progressione del cancro del polmone e la sua risposta al trattamento rimangono controverse a causa della mancanza di strategie definitive di valutazione che aiutino nella prevenzione o nel trattamento del cancro [21]. A nostra conoscenza, questo è il primo rapporto a identificare un insieme di geni come firma della progressione del cancro del polmone in un ambiente meccanico indotto dalla microgravità simulata (SMG). Evidenziamo l'aumentata espressione dei geni correlati alla risposta immunitaria FCGBP, BPIFB, F5, CST1 e CFB e la loro correlazione con la transizione epiteliale-mesenchimale (EMT) sotto SMG, rendendoli potenziali biomarcatori della progressione del cancro del polmone. Qui, evidenziamo anche l'effetto dell'SMG indotto sulla regolazione dell'EMT, un segno distintivo della progressione del cancro [18,22], nel supportare un fenotipo di transizione mesenchimale-epiteliale (MET). Nel complesso, questo studio offre la base per l'associazione dei geni identificati con EMT; tuttavia, sono necessarie ulteriori indagini per svelare gli esatti meccanismi che aiutano nello sviluppo di una nuova terapia mirata per il cancro del polmone. In questo studio, abbiamo mostrato tredici geni (AZGP1, CFB, NOX1, VTCN1, AGR3, GDA, TCN1, CST1, F5, CEACAM6, BPIFB1, FCGBP e BPIFA1) espressi in modo significativo nel cancro del polmone in condizioni di microgravità simulata (SMG) come rispetto alla gravità del suolo in silico. I nostri dati hanno mostrato che questi geni espressi in modo differenziale sono arricchiti in percorsi legati principalmente all'immunità umorale e all'esocitosi regolata. Interesse parallelo ai nostri risultati, sebbene la funzione principale di FCGBP non sia ancora chiara [23]. Ciò può essere in parte dovuto ai ruoli contraddittori che esibisce in diversi tumori [25]. Ad esempio, è stato dimostrato che la FCGBP è significativamente associata a una migliore prognosi complessiva e a una sopravvivenza specifica per la malattia nei pazienti affetti da cancro della testa e del collo, cancro del colon e osteosarcoma [25-27], mentre nei tumori dell’ovaio e della prostata, l’elevata espressione di FCGBP è stato associato a una sopravvivenza globale più scarsa [28]. Da notare che il ruolo dell'FCGBP è stato attribuito ai meccanismi di difesa immunitaria, alle risposte antinfiammatorie e alla protezione cellulare [29,30], rendendolo quindi un marcatore prognostico essenziale [31]. Utilizzando applicazioni in vitro, abbiamo valutato l'espressione dei geni identificati nel cancro del polmone e in condizioni SMG tramite un clinostato 2D. Esiste un’ampia selezione di tipi di clinostati e altre piattaforme di microgravità che sono state sviluppate. Questi includono sistemi clinostatici 1/2/3 D, macchine a posizionamento casuale dotate di fiaschetti scorrevoli (principalmente per cellule di cancro alla tiroide) e vasi a parete rotante sviluppati dalla NASA. Ciascuno è progettato per servire un determinato obiettivo di ricerca, dove alcuni sono progettati per coltivare cellule aderenti o in sospensione e altri vengono utilizzati per la misurazione online delle risposte cinetiche. Da notare che il clinostato è una delle piattaforme più semplici e adattabili utilizzate da diverse applicazioni sperimentali. In linea di principio, il clinostato 2D è caratterizzato da un asse di rotazione che ruota continuamente a una velocità costante regolata e in una direzione perpendicolare alla direzione del vettore di gravità terrestre, creando quindi forze centrifughe che imitano la microgravità reale [14,32,33 ]. È interessante notare che dei tredici geni, le espressioni FCGBP, BPIFB, F5, CST1 e CFB sono aumentate significativamente in risposta all'SMG 2D indotto dal clinostat nelle cellule A549. Le espressioni di FCGBP e BPIFB sono state le più colpite, mostrando un aumento significativo in tutti i punti temporali valutati: 24, 48 e 72 ore dopo l'SMG. Similmente a FCGBP, è noto che BPIFB1 contribuisce alle risposte dell’immunità innata [34]. Il ripiegamento BPI contenente la proteina membro 1 della famiglia B (BPIFB1), prodotta principalmente dagli epiteli delle vie aeree, ha dimostrato di partecipare ai meccanismi di difesa dell'ospite, insieme agli effetti battericidi e antinfiammatori [35]. Nelle malattie respiratorie, BPIFB1 ha dimostrato di esibire effetti antitumorali e antimetastatici; tuttavia, i meccanismi esatti rimangono poco chiari, richiedendo ulteriori indagini [34,36]. Uno studio di Wei et al. hanno scoperto che BPIFB1 inibisce la migrazione e l’invasione del carcinoma nasofaringeo [37]. Detto ciò, si è scoperto che le mutazioni che si verificano in BPIFB1 promuovono il rischio di cancro ai polmoni e la sua downregulation porta a una prognosi sfavorevole nei pazienti con cancro ai polmoni [38,39]. Oltre al ruolo di FCGBP e BPIFB, è stato dimostrato che il fattore del complemento B (CFB) e il soppressore tumorale chimerico 1 (CST1) esercitano ruoli protettivi nel cancro. Ad esempio, è stato riportato che un’elevata espressione di CFB era associata ad un aumento della sopravvivenza globale e libera da malattia nei pazienti con cancro del polmone [40]. Inoltre, il sistema del complemento funge da prima linea di difesa contro gli agenti patogeni, fungendo da componente principale sia del sistema immunitario innato che di quello acquisito [41]. Per quanto riguarda CST1, diversi studi hanno evidenziato le sue proprietà interessanti, come la sua capacità di sopprimere la crescita cellulare, indurre l'apoptosi e la sua resistenza all'inattivazione da parte di forme oncogene di p53, rendendolo un bersaglio terapeutico attraente ma alternativo di p{ wild-type. {74}}tumori umani resistenti [42]. Oltre all'aumentata espressione di FCGBP, BPIFB1, F5, CFB e CST1, i nostri dati hanno mostrato in modo interessante due fenotipi cellulari di cellule A549 sotto SMG: un cambiamento morfologico in aggregati e cellule a forma di ciuffo e una significativa diminuzione della proliferazione tasso post-SMG. Ciò è in parallelo con alcuni altri studi, in cui le cellule esposte all’SMG mostravano piccoli grumi o aggregati cellulari multistrato [43,44]. Queste differenze morfologiche si riflettono nei concomitanti drammatici cambiamenti funzionali nei processi cellulari, parte dei quali è l'EMT. L'EMT è un segno distintivo del processo metastatico, associato alla fuga della sorveglianza immunitaria e all'invasione del sistema vascolare, consentendo quindi alle cellule di diffondersi negli organi secondari [19,22]. In linea di principio, le cellule epiteliali maligne subiscono un meccanismo EMT negli stadi primari dello sviluppo del tumore, dove queste cellule tendono ad esprimere proprietà mesenchimali, esibendo una maggiore motilità che facilita la loro fuga dalla nicchia primaria, mentre le cellule metastatiche formate sul lato secondario mostrano proprietà meno dedifferenziate rispetto ai corrispondenti tumori primari. In questo caso, un processo MET (da mesenchimale a epiteliale) fa parte di tale progressione della formazione di tumore metastatico. Tuttavia, ciò non trascura la partecipazione degli EMT ai diversi stadi della progressione del cancro perché le cellule tumorali nei siti secondari continueranno a crescere e proliferare o subiranno la dormienza [45,46]. Tale coordinazione genetica multipla e la comparsa di specifici marcatori migratori che regolano la progressione metastatica delle cellule tumorali possono portare a risultati diversi in seguito all’esposizione a SMG [47]. Ad esempio, in condizioni di microgravità, diverse cellule di cancro al seno hanno mostrato morfologie, adesione cellulare e proprietà migratorie diverse dopo l’esposizione alla microgravità [5]. Da notare che la caratteristica principale dell'EMT è la perdita della molecola di adesione cellulare, la E-caderina, che influisce così sulla quiescenza dell'integrità delle cellule. D'altra parte, l'aumento della caderina neurale, N-caderina, porta ad alterazioni dell'adesione cellulare. Ciò è indotto principalmente dal fattore di crescita trasformante (TGF-), che attiva fattori di trascrizione espressi pleiotropicamente, come le proteine Snail, Twist e Zeb e altre vie di segnalazione implementate nelle vie metastatiche [18,48,49]. Qui, riportiamo il potenziamento del marcatore epiteliale E-caderina (CDH1) e la downregulation dei livelli di mRNA della N-caderina mesenchimale (CDH2), marcatori chiave di EMT [49]. Ciò implica che, in combinazione con i nostri dati sul ridotto tasso di proliferazione di A549, le cellule mostrano uno stato meno metastatico. È interessante notare che l'espressione alterata dei marcatori chiave EMT è stata accompagnata anche da una significativa downregulation della metalloproteinasi della matrice MMP-2, che è un componente importante della membrana basale che normalmente separa lo strato epiteliale dal mesenchima circostante, portando così a la perdita della membrana basale [50]. Ciò è in parallelo con uno studio di Chang et al., in cui hanno riportato i loro risultati sulla riduzione del potenziale metastatico delle cellule di adenocarcinoma polmonare umano attraverso l’alterazione dell’espressione di MMP2 [17]. In generale, il ruolo delle MMP è stato ben implicato nella progressione delle neoplasie, comprese le metastasi, dove una ridotta espressione di MMP (MMP-2 e MMP-9) e un'attività enzimatica è una caratteristica di un fenotipo meno metastatico [ 50–52]. Avendo il ruolo significativo dell'EMT nelle metastasi, i nostri dati evidenziano una correlazione significativa di FCGBP, BPIFB, F5, CST1 e CFB con i marcatori del gene EMT e con i geni correlati alla migrazione cellulare MMP2 e MMP9. È interessante notare che Xiong et al. hanno dimostrato che FCGBP è il principale regolatore dell'EMT nella cistifellea [53]. Ciò significa che i geni identificati potrebbero fungere da potenziali biomarcatori per studi futuri in grado di prevedere e comprendere ulteriormente la progressione del cancro ai polmoni. Collettivamente, i nostri risultati classificano i geni identificati come regolatori chiave dell'EMT, promuovendo un potenziale miglioramento di un fenotipo meno metastatico attraverso una transizione mesenchimale-epiteliale (MET) delle cellule di cancro del polmone.
4. Materiali e metodi
4.1. Set di dati per identificare i geni comuni espressi differenzialmente (DEG) nelle linee cellulari di cancro al polmone esposte alla microgravità simulata
I set di dati rilevanti dal database Gene Expression Omnibus (GEO) disponibile al pubblico sono stati estratti per l'analisi iniziale. Questo database viene utilizzato come analisi genomica funzionale pubblicamente disponibile di dati di espressione genica e microarray ad alto rendimento. I set di dati selezionati soddisfacevano i seguenti criteri: set di dati che utilizzano solo linee cellulari di cancro del polmone umano, studi che includono controlli corrispondenti alle condizioni di gravità nel suolo (GG), set di dati con classificazione definita delle linee cellulari di cancro del polmone e set di dati con espressione genica delle cellule di cancro del polmone umano utilizzando microarray. Due set di dati soddisfano questo criterio, GSE78210 e GSE36931. In totale, negli studi sono stati inclusi 25 campioni e 14 campioni di linee cellulari di cancro al polmone in microgravità simulata (SMG) sono stati confrontati con 11 controlli GG, come mostrato nella Tabella 2 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov /geo/; accesso effettuato l'11 novembre 2021).
Tabella 2. Dettagli dei set di dati estratti da Gene Expression Omnibus (GEO) utilizzati per l'identificazione iniziale delle cellule di cancro polmonare DEG tra microgravità simulata (SMG) e gravità terrestre (GG).

4.2. Analisi di arricchimento del set di geni GEO2R per generare DEG in ciascun datase
GEO2R (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r; accesso l'11 novembre 2021), uno strumento online interattivo utilizzato per confrontare le serie GEO, è stato utilizzato in ciascun set di dati per raggruppare e identificare i geni sovraregolati e sottoregolati nelle condizioni SMG rispetto alle condizioni GG. I geni con valori p inferiori a 0,05 e variazione di piega maggiore di 2 sono stati selezionati come geni DEG espressi in modo differenziale in condizioni SMG. Di conseguenza, i DEG di ciascun set di dati si sono intersecati tra loro e sono stati identificati i geni comuni
4.3. Quantificazione del coinvolgimento clinicopatologico dei geni identificati
Successivamente, i geni selezionati risultanti sono stati convalidati utilizzando Kaplan–Meier Plotter (http://www.kmplot.com/; accesso l'11 novembre 2021), un database pubblico online che valuta l'effetto di geni selezionati sugli esiti clinici dei pazienti. La sopravvivenza globale (OS) è stata definita come la durata dal momento della diagnosi (in mesi) fino alla morte. I dati sull’espressione genica e le informazioni sulla sopravvivenza derivano dal Gene Expression Omnibus (GEO), dal Cancer Genome Atlas (TCGA) e dall’European Genome-phenome Atlas (EGA). I pazienti sono stati classificati in due gruppi: (1) espressione alta (con valori TPM superiori al quartile superiore) e (2) espressione bassa/media (con valori TPM inferiori al quartile superiore). I grafici di Kaplan-Meier sono stati utilizzati per confrontare la sopravvivenza globale dei pazienti con adenocarcinoma polmonare (LUAD) con espressione alta/intermedia rispetto a quella bassa dei geni candidati.
4.4. Clustering ontologico arricchito per i geni identificati
Per esplorare se i geni identificati condividono percorsi comuni, l'analisi dell'arricchimento del percorso Gene Ontology (GO) per i geni identificati è stata eseguita utilizzando lo strumento web Metascape (https://metascape.org/; accesso l'11 novembre 2021) per l'annotazione completa dell'elenco dei geni e risorsa di analisi insieme a GEO2R
4.5. Linea cellulare e coltura cellulare
La linea cellulare dell'epitelio basale alveolare umano (A549), ampiamente utilizzata come modello per l'adenocarcinoma polmonare, è stata coltivata nel terreno Roswell Park Memorial Institute Medium (RPMI)-1640 integrato con l'10% di siero bovino fetale (FBS; Sigma, St. Louis, MO, USA) e 100 unità/ml di penicillina/streptomicina (P/S; Sigma, St. Louis, MO, USA). La linea cellulare è stata coltivata in un incubatore umidificato a 37 ◦C in un'atmosfera al 5% di CO2. Quando le cellule hanno raggiunto la confluenza, sono state raccolte utilizzando trypsin allo 0,5%, centrifugate a 100×g per 5 minuti e utilizzate quando richiesto.
4.6. Microgravità
Le cellule di cancro al polmone (A549) sono state coltivate in un sistema clinostato 2D che imita l'ambiente a gravità prossima allo zero (microgravità). Questo Rotary Culture Max (RCMW™; Synthecon® Inc—Houston, TX, USA) è un bioreattore dotato di un recipiente per coltura cellulare che incorpora un nucleo di perfusione microporoso e un sistema di ossigenazione in linea, che fornisce nutrienti e gasazione esterna del mezzo, assicurando quindi un adeguato scambio di gas e un ambiente di coltura cellulare a basso taglio. La camera era piena dei terreni di coltura contenenti le cellule. Questa camera ruotava orizzontalmente attorno ad un asse perpendicolare alla forza di gravità ad una velocità di 10 giri al minuto. Il clinostato 2D è stato posizionato all'interno dell'incubatore umidificato a 37 ◦C in un'atmosfera al 5% di CO2. Le cellule A549 sono state raccolte in microgravità post-simulata (SMG) a 24, 48 e 72 ore. Per creare un ambiente paragonabile al cancro del polmone, le cellule A549 sono state coltivate in piastre di coltura a GG, in una condizione non ruotata o statica, e sono state mantenute in prossimità del dispositivo all'interno dell'incubatore umidificato (37 ◦C). Queste cellule sono indicate come gruppo di controllo e sono state anche raccolte a 24, 48 e 72 ore.
4.7. Saggio di vitalità cellulare
Per le condizioni GG, le cellule A549 sono state seminate in piastre di coltura cellulare a 24-pozzetto a una densità di 3,0 × 104 cellule per 500 µL. Le cellule sono state raccolte mediante trypsinizzazione a 24, 48 e 72 ore dopo la semina, quindi centrifugate a 200× g per 5 minuti. I pellet cellulari ottenuti sono stati ricostituiti nei terreni di coltura. Per le condizioni SMG, le cellule A549 sono state seminate nel sistema rotante del clinostato 2D ad una densità di 6,0 × 104 cellule per 1 mL. Le cellule sono state raccolte a 24, 48 e 72 ore dopo l'esposizione all'SMG, quindi centrifugate a 200 x g per 5 minuti. I pellet cellulari ottenuti sono stati ricostituiti nei terreni di coltura. È stato eseguito il test di esclusione del colorante Trypan Blue (Sigma, USA). Il conteggio delle cellule è stato determinato utilizzando il contatore cellulare automatizzato CellDrop™.
4.8. Reazione a catena della polimerasi quantitativa in tempo reale (qRT-PCR)
Livelli di espressione genica (livelli di mRNA) dei geni identificati in silico (AZGP1, CFB, NOX1, VTCN1, AGR3, GDA, TCN1, CST1, F5, CEACAM6, BPIFB1, FCGBP e BPIFA1) insieme ai marcatori del gene EMT (Tabella 3) sono stati determinati anche nelle cellule A549 mediante qRT-PCR. In breve, l'estrazione dell'RNA totale dalle cellule è stata eseguita utilizzando RNEasy Mini Kit (QIAGEN, Hilden, Germania) a 24, 48 e 72 ore a GG e dopo l'esposizione a SMG seguendo i protocolli del produttore. Un µg di RNA totale è stato trascritto in modo inverso in un DNA complementare a filamento singolo (cDNA) in un volume di reazione di 20 µL utilizzando un kit di sintesi del cDNA iScript™ (Thermo, Waltham, MA, USA). La qRT-PCR è stata eseguita utilizzando la master mix PowerUp™ Sybr™ Green (Thermo, USA) in una macchina pcr Quant Studio 5 (Thermo, USA). Le fasi di amplificazione della PCR erano le seguenti: una fase di denaturazione iniziale a 95 ◦C per 3 minuti, una temperatura di annealing del gene target per 30 s, quindi a 72 ◦C per 30 s. Per ciascun gene è stato ottenuto il valore del ciclo di soglia della fluorescenza. ∆∆Il metodo Cq è stato utilizzato per calcolare la variazione relativa nell'espressione genica dopo la normalizzazione nel gene housekeeping, la gliceraldeide 3-fosfato deidrogenasi (GAPDH).
Tabella 3. Elenco dei primer umani. NOX1, NADPH ossidasi 1; GDA, guanina deaminasi; TCN1, transcobalamina 1; FCGBP, proteina legante Fc Gamma; BPIFA1, piega BPI contenente membro della famiglia A 1; AZGP1, alfa-2-glicoproteina 1; CFB, fattore di complemento B; VTCN1, dominio V-Set contenente l'inibitore 1 dell'attivazione delle cellule T; AGR3, gradiente anteriore 3; CTS1, soppressore tumorale chimerico 1; F5, fattore di coagulazione V; CEACAM6, molecola di adesione cellulare CEA 6; BPIFB1, piega BPI contenente membro 1 della famiglia B; ZO-1, Zonula occludens proteina 1; MMP-9, metalloproteinasi della matrice 9; MMP-2, metalloproteinasi della matrice 2; e GAPDH, gliceraldeide 3-fosfato deidrogenasi


4.9. Analisi dell'interazione gene-gene
I dati della qRT-PCR in vitro sono stati implementati nell'analisi dell'interazione gene-gene utilizzando lo strumento web in silico GeneMANIA (http://genemania.org/; accesso l'11 novembre 2021), un algoritmo di rete per prevedere le funzioni genetiche utilizzando un ampio set di dati di associazione funzionale. Ciò è stato condotto per valutare ulteriormente le interazioni tra/tra i geni candidati selezionati; FCGBP, CST1, F5, CFB e BPIFB1 con geni EMT; CDH1, CDH2, TJP1, CTNNB1 e SNAI1, nonché geni correlati alla migrazione cellulare, MMP2 e MMP9.
4.10. Analisi statistica
Il software GraphPad Prism è stato utilizzato per eseguire analisi statistiche. I risultati sono espressi come dati individuali o come media ± deviazione standard (SD). Per confrontare i vari gruppi è stato utilizzato il test t di Student. Le differenze tra i gruppi sono state valutate mediante ANOVA della varianza a una via (ANOVA). Sono stati determinati i valori p e sono stati determinati i valori di p < 0.05, p < 0.01, p < 0,001 ( *, ** e ***, rispettivamente) considerato significativo. Tutti gli esperimenti sono stati eseguiti in triplicato (n=3).
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