Perturbazioni del viroma urinario nel trapianto di rene

Mar 18, 2022


Contatto: Audrey Hu Whatsapp/hp: 0086 13880143964 E-mail:audrey.hu@wecistanche.com


Tara K. Sigdel et al

Il microbioma umano è importante per la salute e svolge un ruolo nelle funzioni metaboliche essenziali e nella protezione da determinati agenti patogeni. Al contrario, la disbiosi del microbioma è vista nel contesto di varie malattie. Studi recenti hanno evidenziato che una complessa comunità microbica contenente centinaia di batteri colonizza il tratto urinario sano, ma poco si sa sui virus urinari umani in salute e malattia. Per valutare il viroma urinario umano nel contesto direnetrapianto (tx), sono state valutate variazioni nella composizione del viroma urinario in campioni di urina di volontari sani normali e pazienti conrenepatologiadopo aver subito la tx renale. L'analisi della cromatografia liquida-spettrometria di massa/spettrometria di massa è stata effettuata su una coorte selezionata di 142renitx pazienti e normali controlli sani, da una biobanca più ampia di 770renecampioni di urina corrispondenti alla biopsia. Oltre all'analisi delle normali urine di controllo sane, la coorte direnei pazienti tx avevano una classificazione fenotipica confermata dalla biopsia, coincidente con il campione di urina analizzato, di innesti stabili (STA), rigetto acuto, nefrite da virus BK e nefropatia cronica da allotrapianto. Abbiamo identificato 37 virus unici, 29 dei quali vengono identificati per la prima volta in campioni di urina umana. La composizione del viroma urinario umano differisce in termini di salute e danno renale e la distribuzione delle proteine ​​virali nel tratto urinario può essere ulteriormente influenzata dall'esposizione all'IS, dalla dieta e dall'esposizione ambientale, dietetica o cutanea a vari insetticidi e pesticidi.

Parole chiave: renetrapianto, viroma, urina, proteomica, biomarcatori

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INTRODUZIONE

Il microbioma umano è stato ampiamente studiato in vari biofluidi, come sangue (1), urina (2-4), saliva (5, 6), liquido cerebrospinale (7) e lavaggio broncoalveolare (8, 9), per la sua influenza sulla salute e le malattie umane (10). Sono stati riportati diversi rapporti sulla valutazione dei microbiomi in diverse regioni del corpo umano, inclusi polmone e intestino (11-15). Tuttavia, si sa solo poco sul microbioma urinario e sui suoi cambiamenti nel contesto del danno renale dopo trapianto renale (tx) (16, 17). La maggior parte degli studi sul microbioma umano ha mappato l'rRNA 16S per la profilazione batterica (18), e c'è solo un piccolo corpo di dati che esaminano il viroma urinario (19, 20) e un singolo studio pubblicato ha utilizzato il sequenziamento di nuova generazione per mappare i componenti genomici virali nelle urine di pazienti sottoposti a trapianto di rene (19).

La disbiosi del microbioma è associata a molteplici malattie come malattie infiammatorie intestinali, cancro del colon, obesità e malattie polmonari (21-25), ma poco si sa sulle alterazioni del viroma nei fluidi corporei umani, come saliva, lavaggio broncoalveolare, e urina. È noto che vari componenti del microbioma svolgono funzioni essenziali tra cui la biosintesi di cofattori e vitamine, il metabolismo dei composti essenziali e la protezione barriera dai patogeni (26-28). Analoghe funzioni disbiotiche e protettive possono essere attribuite anche al viroma urinario; quindi, è importante accertare la composizione del viroma umano nella salute e nella malattia. Ai fini di questo studio, abbiamo scelto di condurre questi studi sulle urine in condizioni di salute e nel contesto dell'esposizione all'IS dopo la tx renale, durante la funzione renale stabile e nel contesto di danno renale tx. L'obiettivo dello studio era di valutare il repertorio di virus determinato dai peptidi presenti nell'urina umana e dalle loro perturbazioni dopo l'esposizione a IS e da varie cause di danno renale acuto, cronico e infettivo.

Il microbioma cambia nel tempo e si correla con la diversità dell'organismo. L'analisi del microbioma può essere segregata sia nell'analisi strutturale basata su unità tassonomiche operative basate sulla filogenesi della sequenza, sia nell'analisi funzionale basata sul sequenziamento metagenomico e sulla proteomica (29, 30). Il microbiota identificato in diverse malattie può essere ulteriormente studiato mediante coltivazione, metagenomica funzionale e immunofluorescenza multiplex e ibridazione in situ. Il progetto NIH sul microbioma umano ha pubblicato il microbioma umano in 15 siti corporei di 300 individui (31).

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TRATTAMENTO DELLA MALATTIA RENALE: CISTANCHE

MATERIALI E METODI

Un totale di 142 campioni unici sono stati valutati da un biorepository contenente il 2016 raccolto dal consenso informato approvato dall'IRB da campioni adulti e pediatrici dei programmi di trasmissione renale presso la Stanford University e l'Università della California di San Francisco, tra campioni di urina di cui 770 erano accompagnati da rene abbinato tx box con letture istologiche centralizzate della patologia e punteggi del compartimento utilizzando lo schema standardizzato di Banff (32) per il punteggio della tx renale per lesione (Figura 1). Lo studio è stato approvato dal The Human Research Protection Program dell'Università della California, San Francisco. I campioni di urina sono stati fenotipizzati in base alla patologia renale bx abbinata in cinque gruppi: controllo sano (HC; n=9), trapianto stabile (STA; n=40), rigetto acuto (AR; n {{ 7}}), nefropatia cronica da allotrapianto (CAN; n=39) ​​e nefrite da virus BK (BKVN; n=17). L'urina è stata centrifugata a 2,000 × g a 4 gradi per 20 minuti per eliminare i sedimenti di urina. Il supernatante è stato fatto passare attraverso una membrana filtrante di 10 kDa per rimuovere i peptidi nativi dalle proteine ​​intatte di dimensioni maggiori di 10 kDa. La proteina totale è stata quindi digerita con tripsina e i peptidi triptici risultanti sono stati analizzati dalla piattaforma LC-MS (Orbitrap Velos MS). I metodi dettagliati di preparazione e analisi delle proteine ​​sono riportati altrove (33).

L'algoritmo personalizzato MSGF plus generato dal nostro gruppo (https://omics.pnl.gov/software/ms-gf), è stato utilizzato per cercare spettri MS/MS rispetto al database combinato di sequenze proteiche umane e al database virale NCBI. I peptidi sono stati inizialmente identificati dalla ricerca nel database applicando i seguenti criteri: valore E dello spettro MSGF (un valore di probabilità del peptide rispetto allo spettro MS/MS corrisponde al valore più basso maggiore è la probabilità di essere una corrispondenza corretta) da<10-10, peptide="" level="" q-value="" (false="" discovery="" rate="" estimated="" by="" targeted-decoy="" database="" search)="" to="" be=""><0.01, and="" mass="" measurement="" error=""><10 ppm="" (±5="" ppm).="" the="" decoy="" database="" searching="" methodology="" was="" used="" to="" confirm="" the="" final="" false="" discovery="" rate="" at="" the="" unique="" peptide="" level="" to="" be=""><1%. due="" to="" the="" anticipated="" higher="" false="" discovery="" rate="" for="" peptides="" from="" viral="" proteins,="" more="" stringent="" filtering="" criteria="" with="" msgf="" spectrum="" e="" value="" to="" be=""><1e-13 was="" applied.="" the="" false="" discovery="" rate="" was="" estimated="" to="" be="" nearly="" 0%="" based="" on="" the="" well-accepted="" target="" decoy="" searching="" strategy="" because="" no="" decoy="" hits="" were="" observed="" following="" this="" stringent="" cutoff.="" data="" are="" shown="" as="" percentages="" and="" mean="" ±="" sd.="" comparisons="" of="" different="" categories="" are="" done="" using="" anova="" and="" p="" values="" of=""><0.05 are="" considered="">

Figure 1 | Source of samples. LC-MS based proteomics was performed on  the 142 samples chosen: 37 with acute rejection (AR), 40 stable (STA), 39  with chronic allograft nephropathy (CAN), 17 with BK virus nephritis, and 9  healthy controls.

RISULTATI

Il nostro gruppo ha precedentemente pubblicato un'analisi dettagliata delle proteine ​​umane biologicamente rilevanti in questi campioni di urina raccolti da pazienti sottoposti a trapianto di rene con diversi fenotipi di lesione del trapianto, come confermato dall'istopatologia del trapianto di rene abbinata sulla biopsia, raccolta contemporaneamente al campione di urina; questi dati sono stati depositati nel repository MassIVE proteomico (accession MSV000079262) e nel repository ProteomeXchange (accession PXD002761) (33). In questo studio, ci siamo concentrati solo sull'identificazione e sull'analisi delle proteine ​​virali nella stessa coorte di pazienti sottoposti a trapianto di rene, con l'inclusione anche di campioni di urina umana di controllo sani abbinati per età e sesso per valutare le proteine ​​virali sia nella salute che nel danno renale . È importante notare che del totale delle proteine ​​umane e virali analizzate nelle urine, le sole proteine ​​virali costituiscono<0.2% of="" the="" total="" identified="" proteins,="" highlighting="" the="" very="" low="" abundance="" of="" rather="" rare="" viral="" proteins="" in="" human="" urine,="" irrespective="" of="" the="" type="" of="" kidney="" injury,="" and="" irrespective="" of="" baseline="" immunosuppression="">

I risultati presentati in questo lavoro provengono dalla mappatura dei peptidi virali, a differenza del sequenziamento genomico delle componenti virali come riportato da precedenti pubblicazioni (19). Come analisi iniziale, ci concentriamo sulla prevalenza delle proteine ​​virali urinarie specifiche per ciascun fenotipo di trapianto di rene di STA, AR, CAN e BKVN e le variazioni osservate sul viroma dell'urina di controllo sano. I dati sulle proteine ​​virali urinarie per ciascun campione sono stati valutati per l'abbondanza del campione rispetto al livello medio di quel virus nell'intera popolazione campionata. Abbiamo scoperto che in media, il 22% (intervallo 4-67%) dei pazienti sottoposti a trapianto di rene presentava proteine ​​virali diverse rilevate nelle urine, esclusi i pazienti con BKVN, dove è prevedibile il rilevamento del virus BK nelle urine, poiché questi pazienti hanno un'infezione da virus BK nel tratto urinario e nel trapianto di rene. La distribuzione di diverse proteine ​​virali in diversi stati di lesione tx e salute normale è mostrata nella mappa di calore di prevalenza (Figura 2). Complessivamente, sono state identificate un totale di 57 proteine ​​virali provenienti da 37 virus unici, molte delle quali inaspettate e precedentemente non descritte come "commensali" nell'urina umana. Di questi virus unici, 8 virus erano virus a RNA a filamento singolo, 1 virus era un virus RNA-RT a filamento singolo e 28 virus erano virus a DNA a doppio filamento (Tabella 1). Dei 142 pazienti, tutti i pazienti avevano almeno una proteina virale nelle urine, con una media di 10,23 ± 4,57 proteine ​​virali/campione.

Prevalenza delle proteine ​​virali dell'urina umana

Il gruppo di controllo sano esaminato aveva 20 proteine ​​virali uniche con una media di gruppo di 13,67 ± 1,32 proteine ​​virali. I pazienti con trasmissione renale con IS di mantenimento e funzione di trasmissione renale stabile avevano un numero statisticamente significativamente più basso di virus unici nel gruppo (8,08 ± 2,78; p=7e{10}}) rispetto alla coorte sana (rene normale funzione e un normale sistema immunitario), senza alcuna esposizione a IS. Nella coorte STA vengono invece rilevate nove nuove proteine ​​virali rispetto ai controlli sani, appartenenti ai seguenti virus: Junin virus, Cotesia congregata bracovirus, Agrotis segetum nucleopolyhedrovirus, Psittacid herpesvirus 1, Pseudocowpow virus, Spodoptera frugiperda multiple nucleopolyhedroviruses, Japanese yam mosaic virus, Virus della chiazza di fagiolo dall'occhio e singolo nucleopoliedrovirus di Helicoverpa zea. Il danno renale dopo tx (nonostante la continua esposizione a IS), determina un aumento complessivo del numero di proteine ​​virali uniche rispetto alla coorte STA tx, con un aumento significativo delle proteine ​​virali urinarie nel gruppo di pazienti CAN (11,46 ± 3,52; p {{ 16}}e-10) e il gruppo di pazienti BKVN (15,76 ± 5,65; p=13.7e-10). Il repertorio delle proteine ​​virali dell'urina sembra essere abbastanza distinto nelle diverse categorie di lesioni TX (Figura 3). La prevalenza delle proteine ​​virali BKV nelle urine aumenta al 60-70% in AR, al 70-80% nei pazienti in CAN e al 100% nei pazienti con BKVN (Figura 2), evidenziando che può risultare una crescente abbondanza del virus BK nelle urine dall'aumento di IS, come si vede nella categoria AR, e con un maggiore tempo post-tx, come si vede nella categoria CAN. I campioni di urina BKVN mostrano la massima divergenza delle proteine ​​virali urinarie, come previsto. Quattro proteine ​​virali che sono costantemente presenti in tutti gli altri campioni, inclusi i normali controlli sani (virus Canarypox, virus Tacaribe, virus Simian 12, virus filamentoso Acidianus 8), non sono più osservate nella coorte BKVN. Poiché BKV è un virus a DNA, abbiamo esaminato se i cambiamenti nel viroma urinario sono in gran parte correlati all'emergere di nuovi virus a DNA in BKVN. Cinque nuove proteine ​​virali si notano solo nella coorte BKVN (Ectropis obliqua nucleopolyhedrovirus, Fowl adenovirus D, Taura syndrome virus, Invertebrate iridescent virus 6, Gallid herpesvirus 2). 4/5 dei virus della coorte BKVN erano virus a DNA a doppio filamento (Tabella 1).

L'abbondanza di proteine ​​virali dell'urina umana

Successivamente abbiamo valutato l'abbondanza di diverse proteine ​​virali in tutti i pazienti con tx e nei campioni di urina HC. Tra i 37 virus unici esaminati, i seguenti virus erano i più abbondanti nei pazienti con STA IS (Acidianus filamentous virus 8, Agrotis segetum nucleopolyhedrovirus, BK polyomavirus, Canarypox virus, Cotesia congregata bracovirus, Cowpea mottle virus, Glossina pallidipes ghiandola salivare, virus dell'ipertrofia, Simian virus 12, virus Tacaribe) e una maggiore abbondanza di Marsellavirus si osserva sia in CAN che in BKVN. Nonostante l'infezione intrarenale con il virus BKV nei pazienti con BKVN, osserviamo che bassi livelli del virus BK sono rilevati anche in tutte le categorie tx esaminate e controlli sani, probabilmente poiché il virus BK è un normale commensale di urina umana, con la sua persistenza nell'uroepitelio umano a bassi livelli in quasi tutti i pazienti esaminati con HC e TX renale non è inaspettato.

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DISCUSSIONE

Uno studio sul ruolo del microbioma nel trapianto di organi (13, 17, 34) tiene conto dell'impatto dell'assunzione di cibo, della digestione, del metabolismo e della modulazione; tuttavia, la disbiosi del microbiota dovuta ai farmaci tx e IS è un fattore che contribuisce alla diminuzione dei microbi predominanti al basale e si traduce anche in una perdita della diversità generale e nell'emergere di poche nuove popolazioni microbiche dominanti (35). Una scoperta molto interessante di questo studio è che solo 8 dei 37 virus identificati in questo set di dati sono stati precedentemente descritti nell'uomo e molti di questi sono stati anche descritti come patogeni. Sono state descritte infezioni umane con alcuni dei virus identificati, suggerendo che la loro presenza nelle urine potrebbe essere correlata alla patogenesi di un danno renale sistemico generale o sottostante. L'infezione da virus Junin (un virus dell'arena) può causare malattie umane cliniche comprensive di febbre, nonché un'entità nota come febbre emorragica argentina (36). Il virus Tacaribe è un arenavirus che può anche causare febbri umane e malattie emorragiche (36). Il virus HHV-6 è un virus molto diffuso nei bambini e provoca febbre, diarrea ed eruzioni cutanee (37). I rinovirus sono virus a RNA a filamento singolo che sono l'agente più infettivo nell'uomo e il più probabile colpevole del comune raffreddore (38). Il virus della clorella di superficie dell'Acanthocystis 1 è presente nel 44% degli esseri umani sani (39) ed è stato descritto solo nell'orofaringe e non è noto che sia patogeno per l'uomo. Il virus di Marsiglia è un grande virus nucleocitoplasmatico a DNA che è stato descritto nel sangue e nelle feci di pazienti con linfoadenopatia non febbrile (40).

Il virus SV40 è un poliomavirus a DNA che è stato probabilmente introdotto nella popolazione umana attraverso vaccini contaminati (41) e l'infezione da questo virus è spesso coinfettata con l'infezione da virus BK, essendo questo un risultato quasi invariante nella popolazione tx. Studi recenti hanno anche evidenziato il ruolo dell'infezione cronica da SV40 nei tumori umani (42). Gli anticorpi contro l'antigene T di SV40 reagiscono in modo incrociato con gli antigeni T dei virus BK e JC, che sono tutti nella famiglia dei poliomavirus, e la colorazione SV40 viene utilizzata per la diagnosi dell'infezione da virus BK in BKVN. L'esposizione al virus BK, nel rene, è osservata nel 90% della popolazione normale e i nostri dati suggeriscono che il viroma urinario ha tracce di proteine ​​virali BK in tutti i controlli sani campionati.


Table 1 | Breakdown of unique viruses.

La replicazione del virus BK è stata osservata nel 10-60% dei pazienti con tx renale che sono stati descritti per aver eliminato il virus BK nelle urine, il che è confermato dai nostri dati (Figura 2). Il virus BK è latente nelle cellule epiteliali tubulari renali ed è noto che la sua prevalenza aumenta la disfunzione immunitaria e l'esposizione all'immunosoppressione (43). In questo studio, non siamo stati in grado di identificare alcuna differenza specifica del viroma urinario che potrebbe distinguere i gruppi AR e BKVN, nonostante queste condizioni siano immunologicamente distinte e richiedano approcci terapeutici molto diversi, ad es. minimizzazione dell'immunosoppressione in BKVN e aumento dell'immunosoppressione in AR. La categoria AR è stata confermata ed è stata rilevata una colorazione SV40 negativa nel tessuto della scatola esaminata. Tuttavia, questi dati suggeriscono che il rilevamento di BKVN può essere sottostimato nei pazienti con tx renale e che i cambiamenti istologici possono essere irregolari con conseguente sottodiagnosi della malattia di BKVN.

Dei restanti 19 virus che non sono stati precedentemente descritti nell'uomo, è stato notato che i seguenti sono usati come pesticidi/insetticidi (E. obliqua nucleopolyhedrovirus, Euproctis pseudoconspersa nucleopolyhedrovirus, Helicoverpa armigera nucleopolyhedrovirus, H. zea single nucleopolyhedrovirus). I pesticidi nell'uso nella salute pubblica hanno lo scopo di limitare il potenziale per la malattia, ma è noto che si fanno strada nei tessuti/fluidi corporei umani se non gestiti correttamente e che le diete organiche limitano il numero di pesticidi nelle urine dei bambini (44, 45) . Il ritrovamento di queste proteine ​​virali nei campioni di urina umana solleva una questione di esposizione ambientale a questi possibili contaminanti precedentemente sconosciuti.

La scoperta di una prevalenza del 100 percento di alcuni virus solo nel gruppo di controllo sano suggerisce che ci sono commensali virali che possono esistere senza danno o possono anche essere ipotizzati per aiutare nell'adattamento immunitario. L'analisi filogenetica dell'albero di questi virus può essere interessante, poiché alcuni virus come i batteriofagi svolgono un ruolo importante nella salute rimuovendo i batteri patogeni e aiutando a rafforzare l'immunità innata (16). Una riduzione dei virus o dei fagi protettivi può comportare un aumento della proliferazione batterica che si osserva nel contesto dell'IS dopo la trasmissione renale. Il sequenziamento metagenomico delle nuove specie virali trovate nei pazienti con tx sotto IS può identificare se l'esposizione a IS ha cambiato i modelli di resistenza o il resistoma di alcuni virus, specialmente quelli che sono più inclini a guidare l'infiammazione e l'immunità (16). È stato dimostrato che il trattamento con nanoparticelle d'argento riduce le popolazioni batteriche e virali intestinali che sono pro-infiammatorie (46). I microbiomi mucinofili possono essere più inclini a fornire un'immunità protettiva non dell'ospite e la perdita di virus/microbi eosinofili con IS può anche essere un fattore determinante dell'aumento del rischio di cistite e infezioni del tratto urinario osservati nei pazienti dopo tx.

Figure 3 | Boxplots of the number of unique viruses discovered by disease status. The boxplots show that the relative abundance of unique viruses discovered in  stable and acute rejection (AR) patients is lower than the number discovered in healthy control (HC). The number of viruses discovered increased in chronic allograft  nephropathy (CAN) above stable and AR. The number of viruses increased in BK over all immunosuppressed categories. T-Tests with Bonferroni corrections were  used for multiple testing. *Significant at p < 0.05; **significant at p < 0.005; ***significant at p < 0.001.

Il microbioma si interseca con gli stati di salute e di malattia. Il nuovo rilevamento di un gran numero di virus usati come pesticidi/insetticidi è una scoperta sorprendente. L'identificazione di virus che non dovrebbero essere presenti nelle urine indica la possibilità che la loro origine penetri nei sistemi corporei attraverso l'ingestione (contaminazione di cibo, acqua o altre bevande come il latte) o l'assorbimento cutaneo (p. es., lavaggio improprio delle mani). Infatti, secondo la legge federale, un piccolo residuo di contaminazione da pesticidi/insetticidi degli alimenti umani è riconosciuto e accettato (41, 47), anche se nessuno fino ad oggi ne ha esaminato la presenza nelle urine. È anche possibile che questi virus colonizzino o invadano il tratto urinario per infezione ascendente, specialmente nel contesto di IS in un paziente con TX renale, dove vi è una ridotta difesa immunitaria dell'ospite.

Un'ulteriore convalida di questi risultati mediante la valutazione del repertorio di viroma umano in diverse coorti geografiche e demografiche di pazienti con diverse cause di danno renale identificherà meglio se il particolare repertorio di proteine ​​virali osservate in questo studio è specifico per un paziente, la sua geografia, la sua demografia o sottotipo di malattia renale. Ulteriori studi di convalida mediante test PCR virali sulle urine possono fornire una rapida valutazione dell'impatto clinico di questi virus in altre coorti di danno renale. È interessante notare che nel repertorio dei peptidi virali identificati non abbiamo osservato alcun fago. Ciò è attribuito alla metodologia utilizzata per la preparazione del peptide dal supernatante urinario, che non cattura i batteri (che vengono pellettati), l'ospite dei virus fagici (48). Anche il rapporto sul viroma basato sull'analisi della sequenza del DNA non ha identificato i fagi nel rapporto pubblicato (19). Lo studio sul viroma delle urine che ha utilizzato l'isolamento del batteriofago purificato utilizzando il gradiente di densità del cloruro di cesio ha riportato l'identificazione dei fagi (20). Tutti questi articoli supportano il fatto che la metodologia di preparazione del campione influenzi i risultati finali.

Colonizzazione, resistenza ed ecologia microbica sono state descritte e ben studiate nel contesto delle infezioni microbiche (49), ed è stato dimostrato che il trattamento antibiotico (nel contesto del trattamento delle infezioni negli animali che formano prodotti alimentari o come parte del la profilassi antivirale per i pazienti con tx nei primi 3-6 mesi dopo la tx) elimina molte specie batteriche e virali commensali dall'intestino e da altri fluidi corporei e riduce la difesa antimicrobica (50). La colonizzazione da parte del microbiota nei primi anni di vita modella il sistema immunitario e crea una finestra di opportunità per uno stato omeostatico, che se interrotto, nel contesto di tx e IS, può contribuire all'infiammazione. Gli approcci alla medicina di precisione in futuro potrebbero voler personalizzare la terapia da un approccio "centrato sul microbiota" e "centrato sull'ospite" alla medicina di precisione. Fino a poco tempo, non abbiamo prestato molta attenzione al microbioma alimentare e alla comprensione del fatto che molte infezioni emergenti possono essere causate dagli alimenti. Gli sforzi attuali per sviluppare uno strumento di localizzazione del metagenoma che valuterà l'impatto di diverse infezioni - batteriche, virali e fungine e le loro impronte digitali nel contesto del cibo che mangiamo, che possono essere influenzate dalla temperatura ambiente, dalla scarsa sopravvivenza della coorte animale, e pratiche agricole comprensive di trattamento del suolo (il trattamento del suolo con bromuro di metile come pesticida determina un enorme aumento delle specie di Bacillus), fonti d'acqua [diverse cariche microbiche nell'acqua di stagno rispetto all'acqua di pozzo (51)], genetica della cultivar vegetale alimentare che può provocare un'alterata difesa delle piante da microbi, piante e pesticidi (51). Le lipoproteine ​​virali e batteriche possono essere responsabili delle proprietà immunomodulatorie e studi recenti suggeriscono anche un ruolo per l'interazione dell'immunità innata nella regolazione della diversità del microbioma e nel controllo dell'infezione, da parte di specifici lignaggi cellulari come le cellule T invarianti della mucosa (cellule MAIT). Pertanto, ulteriori studi incentrati sulla causa della diversità microbica dei tessuti umani e sul suo impatto sull'infiammazione e sulle risposte immunitarie saranno fondamentali da condurre come parte della ricerca futura.

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DICHIARAZIONE ETICA

Tutti i campioni dello studio sono stati raccolti da pazienti pediatrici e giovani adulti trapiantati tra il 2000 e il 2011 presso il Lucile Packard Children's Hospital della Stanford University. Lo studio è stato approvato dai comitati etici della Stanford University Medical School e dell'UCSF Medical Center. Tutti i pazienti adulti e i genitori/tutori di pazienti non adulti hanno fornito il consenso informato scritto a partecipare alla ricerca, nel pieno rispetto della Dichiarazione di Helsinki.

CONTRIBUTI D'AUTORE

MS e TS hanno partecipato alla progettazione dello studio; SN, TS, NM e MS hanno partecipato alla stesura dell'articolo e all'interpretazione dei risultati; NM ha eseguito le analisi statistiche e la valutazione dei risultati; CN, KB-J e W-JQ hanno generato ed elaborato i dati grezzi.

FINANZIAMENTI

Riconosciamo il supporto dell'Università della California di San Francisco. Gli autori riconoscono il supporto finanziario di NIDDK R01DK083447 (a MS), DP3 DK110844 (W-JQ) e P41 GM103493 (W-JQ).

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