Anno nuovo, nuova variante SARS-CoV-2: risoluzioni sui protocolli di sorveglianza genomica per affrontare Omicron

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L'emergere di varianti SARS-CoV-2 con trasmissibilità migliorata e parzialeimmuneescape (noto anche come Variants of Concern, VOC) ha caratterizzato il secondo anno della pandemia di COVID{0}}. La sorveglianza genomica consente di identificare lignaggi e COV nascosti e a rapida diffusione prima che diventino una minaccia per la salute pubblica. L'Istituto di sanità pubblica cileno (Instituto de Salud Publica, ISP) ha guidato iniziative di sorveglianza genomica SARS-CoV-2 in Cile. Utilizzando i dati di sequenziamento, l'ISP ha segnalato l'introduzione dei COV e ne ha caratterizzato la trasmissibilità e le firme mutazionali, contribuendo a una migliore comprensione delle caratteristiche locali della pandemia.1

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Al 17 dicembre 2021, il nuovo Omicron VOC si era diffuso rapidamente in 89 paesi, incluso il Cile.2 Entro il 21 dicembre, l'ISP aveva identificato 119 campioni come Omicron. Di questi, 118 corrispondono agli arrivi all'aeroporto SCL e uno alla trasmissione comunitaria (Figura 1a, b). Sebbene le caratteristiche epidemiologiche di Omicron rimangano allo studio, i rapporti attuali suggeriscono due fatti preoccupanti: in primo luogo, Omicron ha un'ampia fuga dalla neutralizzazione sia naturale che provocata dal vaccino, aumentando così le possibilità di reinfezione e infezioni rivoluzionarie.

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Nello specifico,Omicron è immunela fuga ridurrebbe l'efficacia del vaccino contro le malattie sintomatiche al 35% e al 73% rispettivamente per 2 volte gli individui appena vaccinati e potenziati, considerando i vaccini mRNA (BNT162b2 di Pfifizer-BioNTech).3 Inoltre, questa protezione contro le infezioni sembra svanire nel giro di pochi mesi e il il tasso di fuga è molto più alto per un richiamo eterologo di BNT162b2 in individui completamente vaccinati con il vaccino contro il virus inattivato di Sinovac, CoronaVac.4,5 Sebbene al 9 gennaio 2022, 86.6% della popolazione cilena sia completamente vaccinata e 60,5 la percentuale ha ricevuto un'iniezione di richiamo6 (Figura 1c), la maggior parte delle dosi somministrate corrisponde a CoronaVac (55,3 percento) seguito da BNT162b2 (36,4 percento, tipicamente di richiamo),7 rischiando così un'altra ondata.4

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In secondo luogo, inizialmente e in assenza di nuovi NPI, Omicron ha raggiunto un tempo di raddoppio di 1.5- 3 giorni8, diffondendosi così più velocemente di Delta VOC. Tuttavia, questo è meglio spiegato dall'ampio di Omicronimmunefuga piuttosto che un aumento intrinseco della trasmissibilità di base.9 Pertanto, NPI più rigorosi possono ridurre considerevolmente la trasmissione. Anche se la protezione contro il decorso grave sembra rimanere per le infezioni da Omicron, un'elevata incidenza tra la popolazione mette in pericolo il corretto funzionamento delle infrastrutture critiche, poiché ampie frazioni della forza lavoro richiederebbero test e quarantena. Pertanto, è fondamentale per un processo decisionale informato determinare le varianti e le proprietà circolanti attraverso la sorveglianza genomica.

Sebbene la sorveglianza genomica fornisca un'istantanea delle varianti circolanti e delle loro firme mutazionali, la sua affidabilità dipende dalla qualità del protocollo di campionamento. Di seguito, riassumiamo le raccomandazioni ufficiali per la sorveglianza genomica10 in quattro semplici regole da considerare per un solido protocollo di campionamento per la sorveglianza genomica SARS-CoV-2: le regole CARD:

1. Coordinato: gli sforzi delle diverse entità dovrebbero essere diretti e armonizzati centralmente per evitare distorsioni di selezione, garantire la rappresentatività, ottimizzare l'allocazione delle risorse e standardizzare i protocolli di campionamento. Questa entità dovrebbe anche garantire la trasparenza dei protocolli di campionamento, che dovrebbero essere segnalati insieme alle informazioni sul genoma a GISAID.

2. Adattativo: l'intensità del sequenziamento dovrebbe essere aumentata per fornire una migliore risoluzione quando una nuova variante viene segnalata ai POE e rilevata nella trasmissione comunitaria e ridotta al suo tasso di base quando viene accertata la dominanza della variante. In tal modo, i responsabili politici possono agire preventivamente (cfr. Figura 1d).

3. Rappresentativo: i protocolli di campionamento dovrebbero catturare le eterogeneità spaziali, mirare a diversi gruppi etnografici, tenere conto dei potenziali bias del collisore (ad esempio, come campionamento solo di individui sintomatici o non vaccinati, o dalla stessa catena di contagio) ed essere proporzionale all'attuale incidenza di mantenere la rappresentatività. In paesi come il Cile, dove i centri urbani sono scarsamente distribuiti, la rappresentatività deve essere assicurata su base regionale.

4. Differenziale: i campioni raccolti presso (i) punti di ingresso (POE) e (ii) centri di sorveglianza dovrebbero essere trattati e analizzati separatamente, poiché hanno scopi diversi. Una volta rilevate nuove minacce presso i POE, il campionamento della comunità dovrebbe essere aumentato in modo da acquisire accuratamente le dinamiche di sostituzione precoce tra le varianti.

Poiché abbiamo già rilevato l'Omicron nella trasmissione comunitaria, i responsabili politici cileni dovrebbero adattare dinamicamente il rigore degli interventi non farmaceutici per prevenirne la diffusione offrendo al contempo vaccini di richiamo mRNA a frazioni più ampie della popolazione.11 In questa fase, la sorveglianza genomica è fondamentale per la preparazione e i responsabili politici non dovrebbe solo mirare a surfare l'onda, ma anche imparare da essa. Complessivamente, abbiamo maggiori possibilità di successo se giochiamo bene le nostre CARTE.

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Riferimenti

1 O ostica KY, Contreras S, Mohr SB, et al. Firme mutazionali e trasmissibilità delle varianti SARS-CoV-2 Gamma e Lambda. arXiv prestampa arXiv:2108.10018. 2021.

2 Viana R, Moyo S, Amoako DG, et al. Rapida espansione epidemica della variante SARS-CoV-2 Omicron nell'Africa meridionale. Natura. 2022.

3 Cele S, Jackson L, Khoury DS, et al. Omicron sfugge ampiamente ma incompletamente alla neutralizzazione di Pfifizer BNT162b2. Natura. 2021.

4 Perez-Then E, Lucas C, Monteiro VS, et al. Immunogenicità del booster BNT162b2 eterologo in individui completamente vaccinati con CoronaVac contro le varianti SARS-CoV{5}} Delta e Omicron: l'esperienza della Repubblica Dominicana. medRxiv. 2021.

5 Lu L, Mok BW, Chen L, et al. Neutralizzazione della variante SARS-CoV-2 Omicron da parte di sieri provenienti da BNT162b2 o destinatari del vaccino Coronavac. Clin Infect Dis. 2021:ciab1041.

6 Mathieu E, Ritchie H, Ortiz-Ospina E, et al. Un database globale di vaccinazioni COVID-19. Nat Hum Comportamento. 2021: 1–7.

7 168 degree informe epidemiologico, informe incidencia y gravedad de Casos covid-19 segun antecedentes de Vacunacion e informe Estra tegia Nacional de Tta [Internet]. Dipartimento di Statistica e Informazioni di Salud. [citato 13 gennaio 2022].

8 Torjesen I. Le restrizioni Covid si inaspriscono poiché i casi di Omicron raddoppiano ogni due o tre giorni. Bmj. 2021;375:n3051

9 Lyngse FP, Mortensen LH, Denwood MJ, et al. SARS-CoV-2 Trasmissione Omicron COV nelle famiglie danesi. medRxiv. 2021 dicembre

10 Organizzazione Mondiale della Sanità. Linee guida per la sorveglianza delle varianti SARS CoV-2. Guida provvisoria. [Internet] 9 agosto 2021.

11 Bauer S, Contreras S, Dehning J, et al. L'allentamento delle restrizioni al ritmo della vaccinazione aumenta la libertà e protegge da ulteriori ondate di COVID-19. PLoS Comput Biol. 2021;17:(9) e1009288